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  • docs: 常驻 CLI 子进程泄漏排查手册 —— 记下「有两个会话池」这件没人写过的事 ...
    d8b4346d 
    泄漏被修过一次（310a2b2 / 3e718aa），修完照样漏。第二次排查发现原因不是修错了，而是：

    系统里有两个互相独立的会话池，上一次只修了其中一个；而被修的那个，还漏了一条分支。

    池 A  routes/agent-chat.js 的 sessions       ← /api/agent/:id/chat，含两路心跳
    池 B  src/core/session-pool.js 的 SessionPool ← AgentManager.callAgent，图执行 / DevLoop

两者没有任何共享代码，回收逻辑各写各的。这个结构性事实此前没有任何一处记着，
所以第二个人查到同一个症状时会重走一遍全程 —— 这份文档就是为了让第三个人不必再走。

正文八节，除了两个洞各自的成因与修法（b0b2b62 / 2092a2e），有三处是排查方法而非结论：

§三 按 cwd 第三层判断孤儿归属的对照表。两个池子都把 cwd 下沉到运行态目录，
     `_global` / `_no-task` 是 agent-locator 的保留缺省值、两边都会出现，不能靠它区分。

§四 为什么上一版守卫是瞎的。dropSession 和 closeSession 都会让会话从池子里消失，
     黑盒探针两种情况都返回 false —— 差别只在子进程死没死，而那是探针看不见的维度。
     选探针要问的不是「能不能测出正确行为」，而是「能不能区分正确行为和这个具体的错误行为」。

§八 三步定位脚本，外加一条：先确认跑着的服务器进程是什么时候启动的，再去看代码。
     本次排查中，正在跑的实例比修复 commit 早 18 秒启动，代码里有的修复它并没有。

线上验证（PID 63099，13 分钟窗口两轮心跳）：触发 5 / 完成 5 / 回收 5，峰值子进程 3、稳态 0。
17:13:32 那个 3 正是泄漏时代的签名（cto+coo+qa-judge 同秒触发），清理前那批孤儿一个都不回收，
现在 30 秒内全部释放。窗口内没有失败心跳，所以 2092a2e 那条 catch 路径是靠单测的变异检验
保证的、不是靠线上观察 —— 文档 §六 里写明了，没算成已验证。

docs/README.md 同步加索引条目（no-dead-path-references 守卫 4 条全绿）。

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  • fix(paths): system/templates/ 已并入 system/agents/，修两处静默失效的活路径 ...
    c8853d8c 
    用户授权清理 system/templates/ 的过期引用。全仓库核了 34 处，
结论与预期相反：没有该删的死代码，但有两处正在静默失效。

真正坏掉的（demo-harness-company.js）：
  path.join(ROOT, 'system/templates/base/agent.md')   → system/agents/_base/
  path.join(ROOT, 'system/templates/base/config.json') → system/agents/_base/
两处都包在 fs.existsSync() 里，所以目录消失后**不报错**，只是
静默跳过 base 本体的挂载 —— demo 跑出来的 agent 没有四段式骨架，
但脚本照常打印成功。又一个静默降级。

顺带：real-pm-smoke.js 的提示文案、migrate-agent-naming.js 里
已失效的遍历项、docs/README.md 的 qa-judge 落点。

CLAUDE.md 目录速查表原来只有 `system/templates/devloop-*/` 一行，
连 system/agents/ 都没列。换成两行并写清三个容易踩的点：目录才是
数据源头（seedAgents 直接扫目录）、_registry.json 只补
benchmark_score、_ 前缀是保留 id 会被跳过。

**刻意不动的**：server/tests/ 下 30 处引用。它们分两类，都得留 ——
① 记录迁移过程的注释；② 断言目录已不存在的守卫
（`expect(git(['ls-files','--','system/templates'])).toBe('')`、
`expect(fs.existsSync(...)).toBe(false)`）。删掉后者等于删掉
「迁移已完成」的证明。legacy_path 那几个测试夹具同理，是历史数据形态。

验证：三个脚本 node --check 通过；改后的四个路径实测存在。

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  • docs: 已完成阶段文档归档到 done/，README 索引补全 ...
    cd6f2940 
    按 docs/README.md 既有约定（done/ 放「已实现/当前有效」），把两份已落地的
阶段设计文档移入 done/system-design/：

- 27-p1-virtual-reference.md  P1 虚拟引用寻址，commit 226489d
- 27-p2-org-graph.md          P2 Org Graph，70a4727 + f20d0d8，真实建公司端到端验证过

用 git mv 保留历史（R098 / R087）。移动断掉的 33 处相对链接已全部修复：
moved 文件内的出向链接改 ../../todo/system-design/，todo/ 下 6 个文件的入向链接
改 ../../done/system-design/。全 docs/ 扫描无断链。

README 此前严重过时——只列了 2 份 27 文档，实际已有 11 份。本次补全 todo/ 表格，
每份标注状态与作用（总纲 / 需求源头 / 命名规范 / 端到端 / 参考场景 /
P3+P4 已实现 / 验收契约 / P4 设计中），并在 done/ 表格补上 P1、P2 两行。

■ 刻意没有移动 27-p3-p4-work-graph-console.md
它虽然已实现（c3abf4a），但文档正被另一进程持续修改（工作区 M 状态）。
移动会打断它的编辑路径，等它收尾后再归档。

■ 三份文件的链接修复留在工作区未提交
27-naming-conventions.md / 27-p3-p4-work-graph-console.md / 27-requirement.md
里，我的链接修复与另一进程的在途编辑混在同一文件中，单独拆分风险大于收益。
工作区内容是正确的（链接已指向新路径），会随它下次提交一并带上。

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  • docs: archive docs/ into done/todo/todo-future, add index; land P2 Org Graph spec ...
    8b57a024 
    - New docs/README.md indexes the tree: done/ (shipped features + reference manuals),
  todo/ (current focus — Graph Agent architecture), todo/future/ (deprioritized
  roadmaps: FDE pipeline todo list, stale v1.1 milestones, harness engineering
  proposal — orthogonal to the Graph Agent work, not blocking it)
- Move completed/reference docs into docs/done/ (LEMONBOSS-SYSTEM-DESIGN, architecture-v5,
  claude-code-cron, open-api-manual, qa_judge_req, task_timeline_design, user-guides/,
  system-design/01-26 minus the three moved to todo/future/) — verified against actual
  code (qa-judge template, Task Timeline route/service/view) before filing as done
- Fix the two TOC links in LEMONBOSS-SYSTEM-DESIGN.md that would otherwise point at the
  old paths after the move
- docs/todo/system-design/27-graph-agent-architecture.md: add the P2 Org Graph doc link
  in the roadmap table and 关联文档 section
- Add docs/todo/system-design/27-p2-org-graph.md (P2 requirements & design, drafted in
  parallel while P0/P1 landed)

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