宜博 / lemonboss

用户反馈：控制台原来只能逐个节点点「输入输出」tab 看产物，缺一个全局入口。
新增 TaskFilesPanel.vue，挂在页头，跨节点/跨 run 一次性列出这个任务的全部产物。

做的时候发现分两类、且第二类之前完全没覆盖：
  · 节点产出索引（graph_files，按 company+task 检索）——规划笔记/日志/契约快照
  · 项目根（W2 ensureProjectRoot，data/companies/{cid}/projects/{pid}/）——
    真实交付物代码写的地方，跨节点共享，indexNodeOutputs 从不扫它

后端补 readProjectRootRecord 导出 + GET /api/graph-runs/:id 挂 projectRoot 字段；
项目根的文件列表复用已有的 GET /:companyId/files（此前零调用方），不新开列目录端点。
新增 graph-run-route-io.test.js 两例（分配前 null、分配后原样透传 + 幂等）。

顺带订正 34 号文档：当时断言"index.html 从未被写出来"是错的——真实网站文件
其实在项目根里，只是没查那个目录。34 号文档 §零 记录了订正过程，问题收窄成
"validator 有没有真的做过浏览器级检查"（仍未解决，留待下次）。

全量单测 1000/1000 通过。

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

真实回归任务 T-mt2r6fz0-125b 走到 completed 后回查产出，发现 org-coder-impl
从未写出任何 HTML/CSS/JS 文件（只有 _plan.md/_research.md/coder.log），但
org-coder-validator 给六个维度全打了 100 分。goal-benchmark.json 的
evidence_hint 里五个维度明确要求"打开 index.html/浏览器开发者工具检查"，
这份评分显然没有真的执行过这些检查——是一次没有证据支撑的评分，不是
"查过但判错"。

不是 31/33 号修复引入的新问题，是那两次修复让这条本会一直卡死的任务真的跑到
completed 之后，才把这个一直存在的验收缺口暴露出来。只记现象与证据，根因
（提示词缺前置检查？validator 没有可用的浏览器/文件工具？是不是这次新招聘
本体特有的一次性现象）留给下次调查，这次不深挖。

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

org-coder-validator 在真实回归任务里被 missing_required_input 反复误判 blocked：
executor.json/executor-fanout.json 的 test/integration→validator 边声明
produces:["log"]（required 默认 true），但 test 类节点从不写出能被 indexNodeOutputs
认作 kind=log 的文件（coder.log 实际属于 impl，test 自己的 _plan.md/_research.md
认不出 kind 也没有一对一无歧义可猜），这个 kind 因此永远不会被索引到，
requiredInputsMissing 每次都判缺失——不是时序问题，是结构性、每次重试都复现的硬伤。

改成 { kind: 'log', required: false }，对齐 validator.json 已有的写法（它的
needs:artifact 早就标了 required:false）。真正必需的 needs:artifact 不变，
仍受硬闸门保护。

中途走了一段弯路：最初以为该改 inboundContracts() 按 role 过滤只留 needs，
改完单测炸了 9 个用例——大多数边只声明 produces（无配对 needs），这条链路
正是 T-mt25ecbd 产出闸门依赖的数据源，按 role 过滤会静默削弱那次修复。
已撤回（work-graph-db.js 这次只加注释，没有逻辑改动），细节记在 33 号文档。

新增回归用例 graph-files-index.test.js ⑪：produces required:false 且该 kind
从未被索引到时不拦下游成功，同边 needs:artifact(required:true) 依旧受保护。
全量单测 998/998 通过。

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用真实 LLM 起了一条新任务（G-mt2r62ia-73af/T-mt2r6fz0-125b）回归验证 83afecb 的修
复：org-planner-sdd 自判失败后沿新补的兜底边自动回退 3 次、零人工介入，最终收敛到
completed，补上 31 号文档 §六此前用确定性测试代替的那步真实验收证据。

顺带在 org-coder 子图撞见一个独立的新 bug：inboundContracts()/requiredInputsMissing()
不按 role 过滤 graph_edge_contracts，把同一条边上声明的 produces（源节点自己产出什么）
也当成目标节点的必需输入，导致 org-coder-validator 被 missing_required_input 反复假阳
性 blocked（agent 自己判定 passed，引擎却强改成 fail）。已定位根因、写清复现证据与建议
修法，记在 33-needs-gate-role-filter-bug.md，留给下次实施。

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

planner 骨架（brd→prd→sdd→goal-benchmark→validator）复现：三个 planning 节点
声明了 produces 却没真落盘，executor 没抛异常就被引擎判 success；goal-benchmark
的入边 needs:[brd,prd,sdd] 只用来拼提示词里的 ⚠️ 提示，agent 视而不见照样产出
合法 acceptance。下游 validator 永远读不到三份文档，backward 重试撞循环硬顶后
只能人工兜底。

settleNode 判 success 之前新增两道闸门（均只对 agent_call 节点生效，subgraph/org
节点的契约由子 work run 自己的节点过闸）：
- unsatisfiedRequiredProduces：声明的 required produces 一个候选文件都没落盘 →
  fail_reason=produces_missing，不再放行
- requiredInputsMissing：声明的 required needs 在 graph_files 里查不到实例 →
  fail_reason=missing_required_input，不采信 agent 自报的 success

两者都只判「有没有」，不判「分类对不对」——ambiguous 归类留给下游 ⚠️ 提示词处理，
避免把「写了东西但引擎猜不出对应哪个 kind」误判成没执行。

包含此前已完成但未提交的 27-P4 T3（graph_runs.max_concurrency 落库）及配套
advance-batch 测试。

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只做了这一件事，没有跟着做「dream 改成 org/work graph 来跑」——两者被
单独评估过：org/work graph 是单公司作用域（org graph=公司级 workflow，
work graph=公司内某任务的节点图），dream 却是跨公司扫描，套进去要么破坏
作用域假设要么得新开图类型；且 graph 引擎自带的验收机制（goal-contract
benchmark/test-script）判的是「产物过没过验收脚本」，对「经验提炼得对
不对」这种自由文本判断没有对应机制——不管套不套 graph 都得单独设计
rubric，是同一件事。用户明确只要 REST/控制台这一半。

## REST（server/routes/dream.js，挂 /api/dream）

路由本身没有新业务逻辑，全部委托给已测过的 dream-service.js：
GET /agents（总览）、GET /agents/:id（详情，含定义文件可写性 + 经验
审计）、POST /agents/:id/run（手动跑一次，dryRun 只看有没有新原料不
起 LLM）、POST /sweep + GET /sweep/status（全量扫描后台跑 + 轮询，内存
态并发锁防止连点两下）。

## 控制台（web/src/views/DreamConsole.vue，路由 /dream）

一个表格 + 两个弹窗：本体列表（详情/跑一次/dry-run）+ 全量扫描按钮
（15 秒轮询状态）。导航栏加 🌙 Dream 入口。

## 验证

server/tests/unit/dream-routes.test.js 4 例，monkeypatch 掉
dream-service 导出对象上的六个函数（不走真文件系统，不误扫真仓库
76 个本体），只验路由层自己的逻辑：端点接线、sweep 并发锁状态机。

真起服务器打了真数据：GET /agents/innovator-evolver 正确报
SKILL.md 因没进 git 历史而不可写、经验审计吐出上次真跑沉淀的 4 条
经验及原文；dry-run 正确报 no-new-material，没多花一次 LLM 调用。
浏览器里走了一遍列表→详情→dry-run，与直接打 API 结果一致。

955 个单测全绿。

文档：29-dream-design.md §5.7 记录实现与「为什么不做 graph 化」的
理由；28-followups.md / docs/README.md 同步更新 dream 现状。

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## 验收 4：从「静态成立」变成真的跑过一次

原状态是 🟡「静态成立，未真跑」—— 人读代码把
fixture verdict → FAILING_VERDICTS → readNodeProduct → callAgentNode 判 fail
这条链读通了，但没有任何一次真跑或真链路证据。

现在 graph-real-chain-smoke ⑥ 走完整条：fixture 产出 verdict="attributed"
→ 节点 fail、fail_reason=input_underspecified、沿 fail 边点亮下游、
判词落在**下游节点**行上（判词的载体是「点亮它的那次状态转换」，不是失败节点自己）。
反向验过：verdict 改成 passed 立刻红。

写 fixture 时踩到一条值得记的：fail_reason 是封闭域 ATTRIBUTION_REASONS，
第一版编了个 contract_invalid，被**按设计降级成 null** 并留一条 timeline ——
引擎不认识的归因一律不信。判据没错，是 fixture 错。

## 验收 2 / 8：由 2026-08-20 那次真跑验掉（§六ter）

· 2 —— 19 次真 agent 调用之后 `git status --porcelain` 完全为空，交付物都在项目根内。
  这正是 §六bis「后半被并行 agent 打破」那条的干净环境重验。
· 8 —— 判据取「它引用了只可能来自提示词的内部 id」：triager 判词原文写着
  「org-coder-impl 私有目录 rn_96a8cd696dcc 下只有 _research.md」，
  rn_96a8cd696dcc 是 graph_run_nodes.id，agent 没有别的途径知道它。

## 验收 9：产出端通了，消费端没等到那个形状

真跑里 triager **确实产出了两半地址**（orgNode + workNode）——
这一条本身有分量：27-P3/P4 §八.22 第 13 处记的正是「引擎四环全通，
但产出方 agent.md 里根本没有这个键」，那半条现在通了。

紧接着「忽略跨层地址」那条**不是缺陷，是判据在正常工作**：这次回退发生在
work 层内部，edge.to 本身就是 agent_call 节点，已是最细粒度，没有跨层可言。
缺的是**那个形状**：一次 org 层回退边、且目标是 subgraph 节点。

别把「机制没验」和「机制没有」混为一谈 —— 定点重置的逻辑侧有
graph-cross-layer-address.test.js 三例注入式覆盖，缺的只是真跑里发生过一次。

## 顺带

· template-verdicts 的样本非空那条补 ENOENT 容忍。它扫**活目录**，
  而 graph-real-chain-smoke 会在 system/agents/{aid}/{cid}/ 下建了又清运行态 ——
  文件在「列出名字」和「读它」之间消失是正常的。walk() 与 violations() 早就容忍了，
  只有这一处漏了，实测偶发红过一次。**扫活目录的守卫，每一处读都要容忍 ENOENT。**
· 真跑 timeline 里发现一条未修的：每个节点的产物索引写入都撞
  UNIQUE idx_graph_files_path 失败并被降级成日志（重试时同路径再写一次）。
  后果是 files.json 产物索引在有重试的 run 上静默不全 —— 归 P4 一起处理，记在 §六ter。

全量：139 文件 / 1297 测试全绿。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

agent_call 与 subgraph 是**两段不同的默认实现**（defaultAgentExecutor /
defaultPlanWorkGraph），各有各的 onAcpEvent 累加、各有各的守卫开关分支。
上一轮只覆盖了前者，「规划子图」那半条链仍然是零真实覆盖。

现在走完：defaultPlanWorkGraph → AgentManager → ClaudeCliProtocol(mock)
→ extractPlannedGraph 解析回复 → createWorkGraphSafely → 建子 run。

断言两处假 planner 天然绕开的接线：
· 子 run 的定义确实来自 fixture 那张图（节点名 / systemAgentId 逐个对）
· 规划那一轮烧的 token 也进了预算 —— 走的是 defaultPlanWorkGraph 自己那条
  onAcpEvent，与 agent_call 那条不是同一段代码
③ 的守卫断言补上 subgraph 分支的正反对照。

新增 fixture workgraph-planning.json：图 JSON 同时放进 chunks 与 result
（mock 下 output 取哪一半由 AgentManager 决定，不该由 fixture 来赌）。

反向验过：抽掉 fixture 里的图 JSON、或把它的 usage 归零，对应用例分别变红。

**覆盖边界写在用例注释里**：跳过 resolvePlanningAgentName 里的按需 hire
（预塞一行 company_agents）—— hire 要一条真实公司记录，那条路径另有
company-hire-org-layer.test.js 盯着；这条 smoke 验的是规划链路，不是招聘。

全量：139 文件 / 1296 测试全绿。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

## 一、W7「零边图」不是待办 —— 它早修了，是注释在骗人

`company-service.js` 的判据注释仍写着「判据用**有没有边**」，并留着一段
「已知残留：单 org node 的最小图没有边，判据③不生效……真跑到那一步再看」。

**那个残留在 `58a2865`（08-17）就修掉了**：`orgGraphMembership` 现在的主判据是
`authored_by='planner'` 的节点存在（「orggraph-planning 提交过一张图」的直接证据，
零边也认），边数降为存量行的回落判据；守卫 `company-hire-org-layer.test.js` 的
`CO_ZEROEDGE` + `W7-fix` 两条盯着。

注释没跟着改，于是它把读的人**引向一个已经修好的缺陷**去重修一遍 —— 我就是这么被
带偏的：读到那段注释就没再往 `orgGraphMembership` 里跟，还据此往待办清单里写了一条。
这是「指路牌失效」那一族，和 CLAUDE.md 死链同型，只是方向相反（那边指向不存在的东西，
这边描述已不存在的洞）。

判据的措辞也改了：**「成型」的判据在 graph-service.orgGraphMembership()，不在这里**，
免得下一个人照注释理解。P3B 文档与 docs/README.md 的对应条目一并更正。

## 二、还上「真实路径 smoke 进 CI」那笔欠账的一半（27-P3/P4 §十 硬规矩 2）

原话是「凡是靠注入点验的能力，都要有一条真实路径的 smoke 进 CI 才算验收完成 ——
这条欠账仍未还」。此前唯一走真实路径的 `scripts/real-pm-smoke.js` 要真 API 额度、
人工跑、而且验的是 DevLoop 不是图执行。

做法是把「真 LLM」和「真代码路径」拆开：**只把最外层的 CLI 子进程换成 fixture 回放**，
setAgentExecutor / setPlanWorkGraph 一个都不调。链路完整走
advanceOne → defaultAgentExecutor → AgentManager → ClaudeCliProtocol
→ onAcpEvent → 落盘 → readNodeProduct → settleNode → spendBudget → 边界守卫。

三条断言各盯一处**假 executor 天然绕开**的接线：
· ① mock/files 真的落到节点产物目录（假 executor 直接 return，这一环整个不存在）
· ② token 用量真的从 session/result.usage 数进预算 —— **就是 §六 验收 10 卡了两轮的那一维**
· ③ boundaryGuardApplicable 在这条路径上为真（注入假 executor 时它恒为假，
     那条唯一有实际后果的分支实际零覆盖）；带反向对照，注入后必须变假

反向验过：断掉①的落盘、断掉②的累加，对应用例分别变红。

为此改了一处 mock：session/result 的 usage 原来硬编码 {input:0,output:0}，
现在 fixture 可指定（缺省仍是 0，既有 fixture 行为一个字不变）。
**不改这一处，token 那一维在 CI 里永远产不出数** —— 验收 10 当初就是卡在这儿。

**没还清的部分写在文档里，别当成还清了**：真 LLM 仍进不了 CI；
subgraph 那一支（defaultPlanWorkGraph）仍只有注入式覆盖；
多节点 / 回退边 / 熔断没进这条 smoke，它只推一个节点。

afterAll 清掉真实链路建出的公司态目录（gitignore 挡着不进库，但留着会让别的
用例遍历 system/agents/ 时多扫一份）。

全量：139 文件 / 1295 测试全绿。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

## 移进 done/

· 27-p3c-goal-task-model.md —— 五批实施完毕，§15.5 / §16.8 的后续项也全部收掉。
  新增 **§十七**：欠账清单对账、边界守卫从「乱扣帽子」改成「留证据不判罚」、
  测试污染生产图库（第四次踩同一族，但换了个方向进来）、那条卡了两天的 run，
  以及 **§17.5 真跑验收** —— org-planner-sdd/benchmark/validator 全 success、
  work run completed、父节点自动拉回、org-coder 起实现层子图、
  org-coder-validator 判 fail 走回退边打回 impl（loopCount 1）。
  **返工闭环第一次由真 agent（不是注入的假 executor）走通。**

· 27-p3c-batch3-handover.md —— 四条复核结论全修完、§五 那条 run 已解开，
  §七 待办全部打勾。从待办转为**事故记录归档**：§六 那几条多会话协作规则是真踩出来的。

两份的相对链接都已重指（done/ ↔ todo/ 跨目录），no-dead-path-references 守卫通过。

## 留在 todo/ 的，状态说清楚

· 27-graph-agent-architecture.md —— 状态行校准。那一行是别人判断「能不能搬 done」的依据。
· 27-p3b-real-run-runway.md —— 加状态行：验收 7 ⛔ 真跑不成立（readme-writer 混进
  org graph，**未修**）、2/4/8/9 未在干净环境验。缺陷② 的**根因**今天修了，
  但特意写明「**根因修了不等于验收点验了**」—— 不然下一个人会照着状态行当成验过。
· 27-p3-p4-work-graph-console.md —— 在索引里写明留 todo 的原因：
  §十 那笔「真实路径 smoke 进 CI」的欠账未还。
· 28-followups.md —— §3.3 标已修（含「GET /info 的 404 闸门仍没修，别当成修过」）；
  §五 守卫表加两行（graph-db-prod-guard / heartbeat-company-scoped），
  并补第七条的来历。

## docs/README.md

索引补上新增的 done 条目与 P3B / 28-followups 行，主线说明改成
「当前未完成的是哪几件」——原来只说完成了什么，读的人得自己推。

全量：138 文件 / 1292 测试全绿。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

起因是「全量测试偶发挂一条」。查下来既不是回归、也不是那 45 个孤儿进程（它们 CPU 早归零、
不再写任何东西），而是**还活着的心跳在测试扫描 system/agents/ 的同时往里建目录**：

    locator.taskDir() 的落点是 system/agents/<agent>/<companyId>/<taskId>，
    运行态目录落在本体目录里属既定设计；但心跳每 5 分钟建一个新的
    （cto/_global/ 已 263 个子项且在涨），于是扫描 system/agents/ 的守卫测试
    （no-dead-path-references 那一类）会撞上瞬时竞态：列到了目录名，进去时那一层还没写完。

症状是偶发假失败、重跑就好 —— 这类最费人，因为第一反应总是去怀疑自己刚改的代码。

改法：server/index.js 启动的那个 setTimeout 块里，恰好装着全部「会自己起 agent 的东西」
（两处中断恢复 + 任务队列扫描 + 两路心跳），所以一条早退就够，不必在五个地方各加一个判断。

    DISABLE_BACKGROUND_AGENTS=1 bash start.sh

实测：127 文件 / 1226 用例全绿，跑前跑后 cto/_global 子项数都是 263。

**验证它生效不能只看日志里的 ⏸** —— 那只证明代码走到了早退。硬判据是目录数前后相等，
也就是真的没有东西在写。文档 §七 把这条写成了可粘的三行。

排掉的两个坑，都记在文档和 .env.example 里：

1. `.env` 里不能给这个键赋空值。start.sh 是 `set -a; source .env` 加载的，.env 里只要
   存在同名键（哪怕空的）就会盖掉命令行传进来的 =1，而且不报错。所以 .env.example 里
   它只以注释形式出现 —— 一个「示例文件顺手写全」的习惯会直接让开关失效。

2. 开关生效后 `[TaskQueue] 🚀 已启动` 仍会打印，那是另一个模块：services/task-queue.js
   （ArenaSK 时代 /api/claude-chat 的队列，routes/claude-chat.js 模块加载时起），
   和批 3 的 services/task-scheduler.js 同名不同物。它的心跳只扫内存里的 this.tasks，
   不碰 system/agents/，不是干扰源。名字撞车，容易误判成开关没生效。

文档同步：
  - docs/done/claude-cli-session-leak.md §七 重写（原文写的是「得让测试隔离，或跑前停心跳」，
    现在后者已实现，改成开关的用法 + 硬判据 + 上面两个坑）；原第 2 条降为 §七之二
  - CLAUDE.md 测试命令块加一行（这是找「怎么跑测试」的人真正会看的地方）
  - docs/README.md 索引行补上开关

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

泄漏被修过一次（310a2b2 / 3e718aa），修完照样漏。第二次排查发现原因不是修错了，而是：

    系统里有两个互相独立的会话池，上一次只修了其中一个；而被修的那个，还漏了一条分支。

    池 A  routes/agent-chat.js 的 sessions       ← /api/agent/:id/chat，含两路心跳
    池 B  src/core/session-pool.js 的 SessionPool ← AgentManager.callAgent，图执行 / DevLoop

两者没有任何共享代码，回收逻辑各写各的。这个结构性事实此前没有任何一处记着，
所以第二个人查到同一个症状时会重走一遍全程 —— 这份文档就是为了让第三个人不必再走。

正文八节，除了两个洞各自的成因与修法（b0b2b62 / 2092a2e），有三处是排查方法而非结论：

§三 按 cwd 第三层判断孤儿归属的对照表。两个池子都把 cwd 下沉到运行态目录，
     `_global` / `_no-task` 是 agent-locator 的保留缺省值、两边都会出现，不能靠它区分。

§四 为什么上一版守卫是瞎的。dropSession 和 closeSession 都会让会话从池子里消失，
     黑盒探针两种情况都返回 false —— 差别只在子进程死没死，而那是探针看不见的维度。
     选探针要问的不是「能不能测出正确行为」，而是「能不能区分正确行为和这个具体的错误行为」。

§八 三步定位脚本，外加一条：先确认跑着的服务器进程是什么时候启动的，再去看代码。
     本次排查中，正在跑的实例比修复 commit 早 18 秒启动，代码里有的修复它并没有。

线上验证（PID 63099，13 分钟窗口两轮心跳）：触发 5 / 完成 5 / 回收 5，峰值子进程 3、稳态 0。
17:13:32 那个 3 正是泄漏时代的签名（cto+coo+qa-judge 同秒触发），清理前那批孤儿一个都不回收，
现在 30 秒内全部释放。窗口内没有失败心跳，所以 2092a2e 那条 catch 路径是靠单测的变异检验
保证的、不是靠线上观察 —— 文档 §六 里写明了，没算成已验证。

docs/README.md 同步加索引条目（no-dead-path-references 守卫 4 条全绿）。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

用户授权清理 system/templates/ 的过期引用。全仓库核了 34 处，
结论与预期相反：没有该删的死代码，但有两处正在静默失效。

真正坏掉的（demo-harness-company.js）：
  path.join(ROOT, 'system/templates/base/agent.md')   → system/agents/_base/
  path.join(ROOT, 'system/templates/base/config.json') → system/agents/_base/
两处都包在 fs.existsSync() 里，所以目录消失后**不报错**，只是
静默跳过 base 本体的挂载 —— demo 跑出来的 agent 没有四段式骨架，
但脚本照常打印成功。又一个静默降级。

顺带：real-pm-smoke.js 的提示文案、migrate-agent-naming.js 里
已失效的遍历项、docs/README.md 的 qa-judge 落点。

CLAUDE.md 目录速查表原来只有 `system/templates/devloop-*/` 一行，
连 system/agents/ 都没列。换成两行并写清三个容易踩的点：目录才是
数据源头（seedAgents 直接扫目录）、_registry.json 只补
benchmark_score、_ 前缀是保留 id 会被跳过。

**刻意不动的**：server/tests/ 下 30 处引用。它们分两类，都得留 ——
① 记录迁移过程的注释；② 断言目录已不存在的守卫
（`expect(git(['ls-files','--','system/templates'])).toBe('')`、
`expect(fs.existsSync(...)).toBe(false)`）。删掉后者等于删掉
「迁移已完成」的证明。legacy_path 那几个测试夹具同理，是历史数据形态。

验证：三个脚本 node --check 通过；改后的四个路径实测存在。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

按 docs/README.md 既有约定（done/ 放「已实现/当前有效」），把两份已落地的
阶段设计文档移入 done/system-design/：

- 27-p1-virtual-reference.md  P1 虚拟引用寻址，commit 226489d
- 27-p2-org-graph.md          P2 Org Graph，70a4727 + f20d0d8，真实建公司端到端验证过

用 git mv 保留历史（R098 / R087）。移动断掉的 33 处相对链接已全部修复：
moved 文件内的出向链接改 ../../todo/system-design/，todo/ 下 6 个文件的入向链接
改 ../../done/system-design/。全 docs/ 扫描无断链。

README 此前严重过时——只列了 2 份 27 文档，实际已有 11 份。本次补全 todo/ 表格，
每份标注状态与作用（总纲 / 需求源头 / 命名规范 / 端到端 / 参考场景 /
P3+P4 已实现 / 验收契约 / P4 设计中），并在 done/ 表格补上 P1、P2 两行。

■ 刻意没有移动 27-p3-p4-work-graph-console.md
它虽然已实现（c3abf4a），但文档正被另一进程持续修改（工作区 M 状态）。
移动会打断它的编辑路径，等它收尾后再归档。

■ 三份文件的链接修复留在工作区未提交
27-naming-conventions.md / 27-p3-p4-work-graph-console.md / 27-requirement.md
里，我的链接修复与另一进程的在途编辑混在同一文件中，单独拆分风险大于收益。
工作区内容是正确的（链接已指向新路径），会随它下次提交一并带上。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

- New docs/README.md indexes the tree: done/ (shipped features + reference manuals),
  todo/ (current focus — Graph Agent architecture), todo/future/ (deprioritized
  roadmaps: FDE pipeline todo list, stale v1.1 milestones, harness engineering
  proposal — orthogonal to the Graph Agent work, not blocking it)
- Move completed/reference docs into docs/done/ (LEMONBOSS-SYSTEM-DESIGN, architecture-v5,
  claude-code-cron, open-api-manual, qa_judge_req, task_timeline_design, user-guides/,
  system-design/01-26 minus the three moved to todo/future/) — verified against actual
  code (qa-judge template, Task Timeline route/service/view) before filing as done
- Fix the two TOC links in LEMONBOSS-SYSTEM-DESIGN.md that would otherwise point at the
  old paths after the move
- docs/todo/system-design/27-graph-agent-architecture.md: add the P2 Org Graph doc link
  in the roadmap table and 关联文档 section
- Add docs/todo/system-design/27-p2-org-graph.md (P2 requirements & design, drafted in
  parallel while P0/P1 landed)

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