宜博 / lemonboss

设计见 docs/done/system-design/28-agent-registry-unification.md。

改造前 Agent 本体散在三处（system/agents/ 11 个、system/templates/ 50 个、
data/companies/{id}/agents/ 17 个），同一个 AgentScaffold 被三个 baseDir 实例化。
后果是同一角色在 N 家公司下有 N 份互不相干的副本，模板更新不会同步；
org-coder / org-planner 这类走 hireFromBaseMetaAgent 造出来的本体
legacy_path 指回自己公司目录，永远无法被第二家公司复用。

本次：
- G1 单一注册表：system/templates/ 整体并入 system/agents/，base → _base。
  7 个同名 id 逐个裁决，被丢弃的一份归档到 docs/_archive/ 而非删除。
  source_kind(template/global_agent/company_hired) → origin(builtin/created)。
- G2 运行态下沉：CLI 的 cwd 从本体根改为 system/agents/{aid}/{cid}/{taskId}/。
  memory / conversations 落公司态 {aid}/{cid}/，按公司隔离不串。
  sessionPool 的 key 含 (companyId, taskId)，两家公司调同一 agent 不复用会话。
- G2b 产物不下沉：交付物仍落 data/companies/{cid}/，system/agents/ 只留运行痕迹。
  写入边界按链路分叉——graph 节点走节点私有目录（被 indexNodeOutputs 索引），
  chat 走公司 workspace，同一提示词里不再出现两条互斥指令。
- G3 公司只存引用：data/companies/{id}/agents/ 删除，新增 company_agents 关联表。
  不复用 org_graph_nodes——后者是执行流图，work 层本体被雇时不写它，天生覆盖不全。
- G4 缺则创建：本体缺失时从 _base 复制骨架进 system/agents/{id}/，
  agent-creator 填 agent.md/soul.md 后才从 draft 转 active（哨兵判据，
  骨架未填时哨兵仍在，不许被 hire）。产物即刻是全系统可复用的本体。

新增 server/services/agent-locator.js 收编原先散在 6 处的寻址逻辑。

边界守卫（graph-engine）的豁免从「本体根上五个文件名」放宽为整棵 system/agents/：
新本体的骨架本来就要进 git，gitignore 挡不住 ?? system/agents/{newId}/，
旧判据会把一个真正成功的招聘节点判成 boundary_escape fail。

存量迁移见 scripts/migrate-agent-registry.js（幂等，备份到 data/_migration-backup-*）。

真 Claude CLI E2E 已验证：新建公司 → orggraph-planning 自动规划 →
自动招聘 org-planner/org-coder/org-validator 三节点流水线；
data/companies/{cid}/agents/ 不存在，company_agents 4 行，
system_agents 56→56（零新建私有本体，纯复用），git status 零增量。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

控制台原先只能看引擎的事件轨（stream.log / timeline.ndjson），里面是结构化事件、
自由文本还被截断到 600 字；引擎更是根本不消费流式 chunk（onAcpEvent 只取
session/result 的 usage）。所以 LLM 的逐字输出从来不在它的轨道上。

新端点 GET /api/graph-runs/:id/nodes/:nodeRunId/transcript **惰性读** Claude CLI
自己的会话文件：不进 SSE、不进节点行、不落第二份库 —— 那正是引擎当初决定不存全文的
三条理由要避免的（输出无上限而 getRunState 每次轮询 SELECT * 全量回传 /
产物已有 output_ref 这个唯一真相源 / fail_reason 是选边匹配键不能掺自由文本）。
这里没有推翻那个设计，只是多开一个读取入口。

目录推导与条目规范化抽到 server/services/agent-transcript.js，
scripts/tail-agent.js 改为复用它 —— 一份实现两个入口。今天已经修过三次
「两份必须保持一致的实现漂了」，不想制造第四次。

## 界面上明说的三个前提（不藏）

1. transcript 按 (公司, 角色) 分、**不按节点分**，只能用节点 started_at/completed_at
   截时间窗口 —— 近似而非精确对齐，窗口边界原样显示。
2. <env_status>（harness 每轮注入的环境块，几 KB 机器噪音）服务端剥掉，
   但**剥了几处如实显示**。静默删内容比留噪音更坏。
3. 默认只看 agent 说的话；喂进去的内容（提示词全文、工具返回）要勾选才出来 ——
   提示词里有写入边界与公司上下文，不默认摊开，但可以看。

subgraph 节点不给这个 tab（它自己不调 agent，活在子图里）—— 给了就是个空 tab，
而空 tab 会被读成「没记录」。正在跑的节点靠「刷新」取最新，**不轮询**
（整份会话几百 KB，跟着 run 状态轮询太贵）。

## 三处「看着对、实际错」都有用例钉住

① listRoles 的目录前缀差一个 '-'：path.join 丢掉空的最后一段，切出来的角色名
   全带前导 '-'（实测 '-sdd-planning'）。我是靠肉眼看输出发现的，所以补回归测试。
② 路由取本体取错层：本体绑在定义层节点上，graph_run_nodes 只有 def_node_id，
   第一版直接读运行时行 → SqliteError: no such column。
③ 找不到文件时回 ok:false + 期望目录，不回空列表 ——
   空列表会被读成「这个 agent 没说过话」，而真相是「我们没找到文件」。

另外测试当场抓到我自己那个诚实机制的漏洞：整条正文都是 env_status 的条目会被剥空，
normalize 早返回 null 导致它剥掉的那一处**没计入总数** —— 号称如实回报却少报。
改成 parts 空但剥过东西时仍返回，由 readEntries 先记账再决定入不入列表。

## 验证

880 全绿（88 文件）。3 处变异精确变红后逐字还原。
运行中的实例上走查过：org-planner-sdd 的原文逐条带时间戳显示，
第一条就是它去读上游 prd.md / contract.json —— R-19 那条链路被 agent 真的用上了。
subgraph 节点（org-planner）确认没有这个 tab。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

## 为什么加

「输入输出」tab 把产物的绝对路径摆出来了，但那是服务器本地路径 —— 浏览器里点不开，
走查时只能靠肉眼确认「路径长得对」，而真正要确认的是「这份 brd.md 里写了什么、
下游读到的是不是它」。

## 前端

新增 web/src/components/graph-console/FilePreviewModal.vue，输入/输出两处路径
改成可点按钮。渲染三档：.md 走 marked（已是既有依赖，没新增包）、.json 重新缩进、
其它原文。两处刻意的选择：
- .json 解析失败时**退回原文**并说明，不替它藏起来 —— 产物 json 写坏了本身就是要看的信息
- 超过 512KB 时后端回 truncated，界面如实说「不是完整内容」，不装作读全了
output_ref 那一行不做成可点：它是目录不是文件。

后端没有新造端点：复用现成的 GET /api/company/:cid/files/content，它的根目录正是
data/companies/<cid>，而 graph_files.rel_path 本来就是相对公司根的，正好对上。

## 修掉六处路径越界（真漏洞）

company.js 里 3 个 GET + 3 个 PUT（templates / company / workspace）用的是同一个写法：
    if (!absPath.startsWith(safeBoundary)) → 403
「一个目录名是另一个的前缀」时它会放行：
    cid = co-a，path = ../co-a-evil/company.json
    → abs = .../data/companies/co-a-evil/company.json
    → startsWith('.../data/companies/co-a') === true → 放行
于是公司 co-a 能读 co-a-evil 的文件；PUT 那三处是同一缝隙上的跨公司**写**。
抽 resolveInside() 用 path.relative 判断，六处共用一份（复制六份判据迟早会漂）。
新增 7 条用例走真 HTTP 验，PUT 那条断言的是**文件没被改**而不只是响应码。

## 顺带修掉一个被你的实际使用触发的 bug

跑全套时 graph-seed-service 的对账用例红了，报
`org_graph_nodes WHERE company_id='mycompany' expected 10 / actual 9`。
不是并发偶发 —— 单跑也红。原因：seedCompanyAgents 对 type='meta-bootstrap' 的角色
是 continue（既不落 org_graph_nodes 也不落 system_agents），而 verifyCounts
复算期望值时把 agents[] 全算进去。mycompany 的 10 个角色里 orggraph-planning
正是 meta-bootstrap → 差 1。

也就是说：**界面上点一遍新建公司就会踩到**。这条缺陷上一轮就被预告过
（当时那个 agent 说「不在我的独占文件里」没修），今天被真实使用兑现了。
修法是让 verifyCounts 复用同一个 isMetaBootstrap 判据，不复制那个 type 判断。
新增独立测试文件（不并进 graph-seed-service.test.js —— 往它的 hermetic 夹具里
加角色会连带改既有断言），用 GRAPH_SEED_ROOT 自建最小夹具。

那个文件里第二条用例是刻意的：只断言「对账干净」时，seed 一个都没种也会“通过”，
两种原因症状相同。第一版就是这么错的 —— 我误以为 runStartupSeed 会种公司角色
（它只做 reconcile + 全局 agent + 模板），是第二条断言把「夹具没种」和
「过滤没生效」分开的。

## 验证

871 全绿（87 文件）。3 处变异精确变红后逐字还原
（startsWith 回退 → 精确打红跨公司读/写两条；verifyCounts 去掉过滤 → 打红对账条）。
拿运行中的实例 + 用户真实公司 mycompany 走查过：读到真实 brd.md 内容，
`../idearun/company.json` 与 `/etc/hosts` 均 403。web:build 通过。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

起因是一个看起来无害的问题：<repo>/data/users.sqlite 为什么是 0 字节。
答案是没人用它——user-db 走三级上跳落在仓库外的 ~lemonAI/data（跨兄弟仓库
共享的平台数据，与 skill-db / benchmark-db 一致；仓库内 data/ 放 graph/companies/
devloop 这类租户数据）。那个空文件是遗留，已删。

顺着查下去发现三处同型缺陷，形态都是「产生 → 传递 → 落库 → 读回」漏掉读回，
而且是最有欺骗性的一种：测试设了隔离用的 env，没有人读，于是数据全写进
**共享的生产库**，测试照样全绿，afterAll 删的 /tmp 文件从来没被创建过、清理还“成功”。

1) USERS_DB_PATH 压根不存在
   user-db.test.js 只能直写共享用户库（注释老实写着 "uses hardcoded
   data/users.sqlite"），afterAll 是空的、拿「邮箱按 UUID 唯一所以不会撞」
   当成了不用清理的理由。不撞是真的，不堆积是假的：357 个用户里 356 个是夹具。
   加 USERS_DB_PATH 覆盖口（口径同 graph-db 的 GRAPH_DB_PATH），测试改为
   先设 env 再清 require.cache 再 require（DB_PATH 是加载时求值的常量，
   顺序错了照样静默失效），afterAll 真删库文件。

2) BENCHMARK_DB_PATH 有人设、没人读
   benchmark-db.test.js:13 与 integration/api-routes.test.js:43 都在设它，
   而 benchmark-db.js 那一行不读 → 共享 benchmark 库攒了 342 行
   skill_name=benchmark_test。补上读取后，两个测试文件一行不改就真隔离了
   （日志里 Initialized SQLite at /tmp/... 第一次是真的）。

3) SKILLS_DIR 是写错的变量名
   config.js:13 读的是 SKILLS_CODE_DIR，所以 skillsCodeDir 一直指向那个
   2.7 万条的真实共享 skills 目录。两个测试文件的变量名改正。

新增 guard server/tests/unit/test-isolation-env.test.js：
测试赋值过的**路径类** env（_DIR/_PATH/_ROOT 结尾）必须有生产读者。
只管路径类是刻意的——那是会造成静默数据污染的地方，而 HOME（os.homedir 间接读）、
JWT_SECRET、PORT 这类天然不在范围内，不需要维护会腐烂的白名单。
顺带钉住「共享 data 在仓库外」这个有意的分层，免得被“修”回仓库内。
guard 第一版把自己文档注释里的举例当成真赋值、自己判红了，所以两侧都先剥注释——
凡是静态扫源码的检查都要先想清楚该量的是代码还是文本。

数据清理：共享 ~lemonAI/data/users.sqlite 删掉 358 行夹具
（不是 356——修好之前又跑了两轮测试，每轮 +2，正好印证泄漏一直活跃），
删前备份 + 计数闭合校验（保留行 + 匹配行 == 总数才动手），
删后真人 bboonnee@gmail.com 完好，总数 1。

验证：854 全绿（84 文件）。跑完全套后 users / benchmark_logs / skills
三个共享库的 sha256 逐位不变——修好之前这不可能。
3 处变异逐一精确变红（去掉任一 env 读取、把变量名改回错的）后逐字还原。

未动：JWT_SECRET / API_KEYS 生产侧无读者或名字不符（config.js 读 OPEN_API_KEYS），
不造成数据污染，另报；共享 benchmark 库那 342 行夹具未清，等确认。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

第六次真 CLI 冒烟 gapClosed=true：org 层契约落库 4 行（此前恒 0），
且那段文字真的进了 workgraph-planning 收到的提示词（52677 字节，第 746 行起）。

## workflow 四路并行的产出

- **org 层两半一起接**（关键顺序）：先接读回方 buildPlanningPrompt 的 ③bis 段
  （org 边入边 → 上游绝对路径；出边 produces → 「你规划的子图必须有节点产出这些」），
  再接声明方 orggraph-planning 模板。只补模板的话就是又一次「声明了没人读」——
  org 图节点全是 subgraph，而 describeInputs 对 subgraph 直接返回空。
  resolveInboundLines 从 describeInputs 抽出共用，两侧口径物理上不可能漂移。
- **清掉 404 死路径**：模板三处教的 POST /api/company/:id/work-graphs 从未注册。
  真跑复验：agent 侧零调用，改为按新 Step 7 写项目根绝对路径，还自己 require
  validateWorkGraph 预检了一遍才交回，round=1 一次过。
- **四张骨架补 produces/needs**：从「靠模板文字施压」变成结构保证，每张过规则 6。
  真跑里 agent 照抄了 planner.json 并跟着任务删掉 sdd 节点——是改编不是复制。
- **graph-seed 顺序依赖**：靠生产代码里已有的 GRAPH_SEED_ROOT 缝隙指向冻结快照。
  不是「跑几次都绿」结案：构造了原先必红的 churn，修前 12 次 3 红、修后 15 次 0 红。

## 我自己收的 4 条 major + 1 条 minor（都在 graph-engine.js）

复验挖出「引擎自己拼的提示词在教 agent 做模板明令禁止的事」，同一条提示词里对立：
1. 「已自行落库成功时回一行 workGraphId: wg_xxx」vs 模板「你永远拿不到真的 wg_ id，
   永远别写」。agent 没有任何受支持的落库途径，写出来必是编的，而 extractPlannedGraph
   优先匹配那个形状、查库查不到就整轮作废。删掉邀请，保留引擎解析真实 wg_ 的能力。
2. 内联图示例的边一个 produces 都没有——agent 唯一见过的「边长什么样」是零声明的。
3. 「端点尚未上线」暗示将来会上线，于是它还想去试一次。改成「不存在、也不会上线」。
4. indexNodeOutputs 收集 declared 不按 role 过滤，把出边的 needs 当成本节点的产出。
   Chrome 走查实测：产品需求文档.md 落成 artifact，下游 prd 输入变 ⚠️。
   更坏的一面是错标（brd_notes.md 命中中继 needs[brd] → 归因给错的产出方）。
   1ea9efa 加的 role 列，这里正是它存在的理由。
5. (minor) contract.prev.json（retryNode 的契约快照）被索引成 artifact 噪声。

新增 guard：引擎提示词不许与模板对立（静态读源码，剔掉注释行——
第一版把「解释为什么不许说某句话」的注释也扫进去了，量错了对象）。

测试 850 全绿（83 文件），既有断言未改。5 处变异精确变红后逐字还原。
Chrome 走查确认控制台正常分支（此前只验过降级分支）：契约药丸、绝对路径、
needs 中继说明、tab 上的 ⚠️ 计数全部渲染，零 console 报错。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

第五次真 CLI 冒烟（gapClosed=true）暴露的两条，都是「这轮成立是侥幸」型。

1) indexNodeOutputs 靠文件名定 kind
   真跑成立纯属 brd 节点恰好把文件命名成 `brd.md`。换写 `业务需求文档.md`
   就落成 kind=artifact → 下游入边声明的 brd 查不到实例 → 提示词退化成
   「⚠️ 索引里查不到实例」，即刚关掉的断点换个形式重现。agent 给产物起中文名
   是完全正常的行为，不该由它决定索引对不对。
   改成两遍：先按文件名认领，再在**一对一无歧义**时（还差一个 kind 没人产、
   正好还剩一个认不出的文件）按声明认领。有歧义不猜 —— 猜错比留 artifact 更坏，
   错的 kind 让下游读到一份不是它要的文件，artifact 只是查不到、会如实报 ⚠️。

2) describeInputs 任务级共享不去重
   真跑里 brd 与 prd 两个节点各写了一份 contract.json，都是 kind=contract，
   于是往后每个节点的提示词里「contract（任务级共享）」逐个累加。节点一多是噪声，
   且给 agent 两个同类路径等于把一个我们自己都没定的选择推给它。
   按 kind 保留最新那份，与沿边那一半的 byKind.set 同口径。
   ponytail 标了根因（节点私有目录的文件也会按文件名落成 task-shared 的 kind）
   与真正的修法（任务级产物只认 tasks/{taskId}/），后者要动 R-9.3 现有语义，
   归到那条线一起定。

测试 829 全绿（+3），既有断言未改。4 处变异精确变红后逐字还原。
含 verify agent 回填的 §4.6「第五次真 CLI 冒烟」小节。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

R-19.A 把 declareEdgeContract 的调用方补上之后，inboundContracts 终于非空，
「沿边传递」这类数据流在真跑里生效了（真实规划 agent 自己在边上写出了
produces/needs 声明）。本次收掉它留下的三个缺口。

1) role 落库（第 14 次「四环漏一环」）
   normalizeContracts 产出 role，declareEdgeContract 入参没有它、表也没这列 ——
   产生 → 传递(丢) → 落库 → 读回。后果不止是控制台不精确：规则 6（data-contract）
   靠「有人 needs 但没人 produces」判错，只存 kind 就没法从库里重算，而
   patchGraph 第 5 步的重新校验读的正是库 —— 增量 PATCH 又恰恰是
   「此前满足的 needs 失去产出方」的唯一发生地，校验偏偏在最该生效的通道上失效。
   - graph_edge_contracts 加 role 列（CHECK + 老库 ALTER 后回填 produces：
     NULL 在规则 6 里既不算产出也不算需求，会误拒一张合法的图；闸门宁可漏判不可错拦）
   - 两层调用点透传 role；readGraph 把 contracts 读回来并递进 validateGraph

2) 控制台三字段（前端在、后端没喂）
   GET /api/graph-runs/:id 补 edges[].contracts / companyRoot / taskFiles，
   否则 R19-C 那三块界面整块降级：声明和索引都在库里，界面上看不见。
   contracts 只在非空时出现，与 failReason 同一个约定。

3) 收拢 companyRootDir/taskDirRel 镜像
   goal-contract.js 里那份镜像靠注释约定「与 graph-engine 逐字同构」维持，
   控制台路由成为第三个调用方时这个约定就不成立了。抽到 company-paths.js，
   GRAPH_RUNS_DIR 改为调用时读（原先两个模块各自在加载时快照，
   加载顺序不同会算出不同的根）。goal-contract 那条「镜像漂了就报警」的用例
   按其自身预告改成比函数返回值。

测试 826 全绿（+11：role 8 / 路由 3），既有断言未改。
11 处变异逐一验证精确变红后逐字还原；其中一条断言初版在 fixture 上永远自洽
（图里没有无声明的边），补了一条无声明的边才真正有判别力。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

第四次真跑的断点：org-planner-prd 失败，它自己的归因原话是
「不是上游没产出，是它的产出**结构上到不了我手上**」。核实属实 ——
上游 brd.md / contract.json 落在**节点私有目录**，prd 的提示词只有它自己的私有目录
+ 只读 artifacts/，而 brd--success-->prd 这条边**不携带任何文件引用**。
边一直只承载控制流（condition/edge_kind/fail_reason），R-4 要的「边的输入输出」
被落成了从 output_ref **推断**的 UI 展示、没有实体，而推断的那一端下游读不到。

## 定案（27-REQ R-19）

- 建 sqlite 表而不是 files.json：JSON 会重演 _registry.json 的并发重写与 git 冲突
  （本轮刚被它咬过，W13 只能把 usedCount 挪去另一个被 ignore 的文件）
- **两类数据流都要**：纯边绑定表达不了 R-9.3 的「planner 生成、validator 执行」——
  org graph 是 planner→coder→validator，acceptance 跳过 coder，这两点之间没有边
- workspace 根**代码推导不入库**：存绝对路径会烂，W13 清的那 10 条 legacy_path
  悬空行就是这个病。表里只存相对公司根的路径
- 路径走 tasks/{taskId}/，不走 workspace/：后者语义是「Agent 自治领地、框架不干预」
  （06-沙盒自治），与「框架管着、可检索的交付物区」是两种所有权
- 契约(kind)与实例(path)分规划时/运行时两阶段 → 引擎可在节点跑之前校验
  「你声明要吃 brd，但上游没人产 brd」，这类图结构错误此前只能等跑到那步才发现

## 实现

work-graph-db：graph_files（实例）+ graph_edge_contracts（契约）两张表。
graph_files 的当前版本走**部分唯一索引** WHERE superseded_by IS NULL ——
与 idx_org_graph_nodes_company_role_active 同一模式：要「同键只有一个活的」
又要留历史，条件得写进索引而不是靠删行。API：recordFile / findFiles /
declareEdgeContract / edgeContracts / inboundContracts / rebuildFilesFromNodes。

graph-engine 两侧都接：
- 输入侧 describeInputs：按**入边声明的 kind** + **本 task 共享产物** 查实例，
  把绝对路径拼进提示词。声明了却查不到的**明说缺哪个 kind**，不静默省略。
  刻意不是「注入一句『索引在某文件，自己去检索』」—— 那仍靠 agent 自觉拼路径，
  真跑已证明它拼不出来；引擎直接递到手上，不给它猜的机会
- 产出侧 indexNodeOutputs：节点 success 时登记落盘文件，kind 先看出边声明、
  再按文件名兜底；attempt-*.json 是引擎自读的归因文件，不当产物登记

文档：27-REQ 新增 R-19（四条，含两段原话）；27-P4 §4.6 按定案重写
（原「公司根一个 files.json」作废）。

测试 788/788 全绿。后续（下一轮）：规划侧声明契约、goal-contract 路径归并、
前端「输入输出」tab 展示解析结果、真 CLI 复验 prd 能拿到输入。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

LEMONBOSS_DISABLE_WATCHDOG=1 时不启动。

第三次真跑记录：Master 智能巡检带 full 工具权限、会在工作树里改源码，还会自主
下任务单；而图执行的边界守卫用整仓 git status 差集判归属，于是并行 Master 的写
被算到「当时正在跑的 work 节点」头上，把一个只是超时的节点额外署成 boundary_escape。
守卫做不到区分是谁写的（W3「拦不住」第 5 条），所以真跑期间工作树里不能有第二个
agent 在活动 —— 这是规程问题，不该指望守卫变聪明。此前没有任何关闭开关。

测试 788/788 全绿（76 文件，起点 786），未改任何既有断言。

## 1. idleTimeoutMs 硬编码 120s（「work 节点 → success」跑不通的唯一技术原因）

agent-manager.js 里 `this.config?...?.idleTimeout || 120_000`，且 `...options`
摊在前面被下一行覆盖，两个后果叠加：
- 默认 120 秒，比 stream-executor 自己 JSDoc 写的 30 分钟（1_800_000）小一个数量级，
  也和同进程 ClaudeCliProtocol 早已放到 24h 的 idle 上限完全对不上
- 调用方**无法覆写** —— 传了 options.idleTimeoutMs 也会被盖掉

真 CLI 下的后果：任何「先读几千行源码再动笔」的节点都在动笔前被杀
（readme-writer: idle timeout: no stream data for 120000ms）。

改成 调用方 > agent 配置 > DEFAULT_IDLE_TIMEOUT_MS(30min)，并把常量真的定义出来
—— 上一轮 Master agent 自己诊断出这个问题也动手改了，但引用了未定义的
DEFAULT_IDLE_TIMEOUT_MS，跑起来是 ReferenceError。

## 2. W7 判据在零边最小图上失效

判「org graph 成型了没有」原先看**边数**，理由是「节点 hire() 自己就会造，
拿节点数当信号会废掉『连雇两个人第二个不入图』」——理由成立，但边只是
「writeGraph 跑过」的代理，而真跑里 orggraph-planning 裁出过一张**零条边的单节点图**，
代理当场失效：三条判据全落空 → work 层本体被写进 org_graph_nodes，
下一次下达任务时被 advanceOne 当成 org 节点执行。

改成记录**来源**而不是猜：org_graph_nodes 加 authored_by（idempotent ALTER），
writeGraph 写 'planner'、hire 写 'hire'，判据看有没有 planner 写下的节点。
hire 先记的行随后被 planner 纳入时升格，反向不降级。
存量行 authored_by 为 NULL，回落到原来的边数代理，行为不变。

新增两条用例（既有 9 例造的全是有边的成型图，正好绕开这个形状），
并做过变异验证：把判据改回纯边数，两条精确变红，还原后逐字一致。

## 3. 前后端「能不能下达任务」的规则各写一份且不一致

前端 ACTIVE_RUN 含 blocked、后端 ACTIVE_ROOT_RUN_STATUS 不含（唯一索引
idx_graph_runs_one_active_root 里也没有）。后果：一家公司只要失败过一次，
控制台上就再也下不了第二个任务，而后端其实放行。

规则只留服务端一处：GET /graph-runs 返回 canDispatch / activeRootRunId，
前端照抄结果，不再自己复述取值域。字段缺失时保守放行，交给端点 409 兜底。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

测试 786/786 全绿（76 文件，起点 760/72），未改任何既有断言。

## 本轮三件新东西，全部经真 CLI 验证

W12 补完 · 失败原因四环打通
- 引擎自判的失败（executor 抛异常、边界越界、子 run 无归因）现在也落
  graph_run_nodes.fail_reason，不再只有 agent 归因产出的才有值
- 概览 tab 展示「[引擎判定] boundary_escape」+ 终端样式 excerpt，
  取不到 fail_reason 时回落 output_excerpt，并标明来源
- 真跑实查：两行 fail_reason='boundary_escape' 都在库里，
  产生→传递→落库→读回四环在真 CLI 下走通

W13 · 运行态文件根治（守卫误判的根因）
- 17 个 todo.md / plan.md / scheduled_tasks.json git rm --cached + gitignore；
  源码（agent.md/config.json/soul.md/tools.md）一个未碰，模板本体仍跟踪
- _registry.json 的 usedCount 挪进已忽略的 data/template-usage.json
- 真跑验收：整轮（agent-creator、Master 各一次真 CLI、3 次 hire）结束时
  worktree git status 与基线逐字相同，_registry.json 零 diff

单步进度感 · 真 CLI 一个节点 3-7 分钟
- 画布卡片秒表 + 详情面板常驻条「运行中 2m40s · 最近事件 …（2m40s 前）」
- 不做假进度条：引擎不知道 agent 还要多久
- 顺手修 NodeDetailPanel 不跟 SSE 走（否则秒表也不会动）

W9 失败上下文进提示词、W10 跨层地址两半、W11 Hot Swap 显式告警同批完成。

## 真跑结论：链路更长，但「work 节点 → success」仍未跑到

走到：orggraph-planning 落图自雇 → agent-creator 补定义 → workgraph-planning
真跑规划 + **先雇后提交**（W5/W6 再次成立）→ 子 run 起来 → work 节点 RUNNING
→ 7m19s 后 fail。两层原因叠加，都与 W1-W14 无关：

1. **新缺陷**：agent-manager.js:324 把 idleTimeoutMs 硬编码 120s，
   readme-writer 通读源码静默超 2 分钟被掐死（动笔前就死了）。
   同进程 ClaudeCliProtocol 早把自己的 idle 上限放到 24h，
   stream-executor 的 JSDoc 默认值写的是 30 分钟 —— 这里把两者都压掉一个数量级；
   且 ...options 透传的 idleTimeoutMs 会被下一行覆盖，调用方无法覆写。
2. **并行 agent 污染**：retrain-watchdog 每 5 分钟唤起的 Master 在同一工作树里
   改了两个源文件，被守卫 git status 差集算到该节点头上 → 额外署 boundary_escape。
   这是 W3「拦不住」第 5 条第一次真实发生。

顺带记一笔：这一轮任务是 **LemonBoss 自己的 Master 自主下的单**，
走的正是 POST /api/company/:id/tasks，它还自行诊断出了上面那个 idle timeout
并动手改（引用了未定义的常量，是坏的）。

## 已知未修（下一轮）

- idleTimeoutMs 硬编码 120s —— 「work 节点 → success」跑不通的唯一技术原因
- W7 在**零边最小图**上失效：判据③要求存在 active org_graph_edges，
  零边图上三条判据全落空，work 层本体被写进 org_graph_nodes。
  服务层那 9 例测试造的都是有边的成型图，正好绕开这个形状
- 前端 ACTIVE_RUN 含 blocked、后端 ACTIVE_ROOT_RUN_STATUS 不含：
  一家公司只要失败过一次，控制台上就再也下不了第二个任务（后端其实放行）
- 真跑期间工作树里不能有第二个 agent 活动，否则守卫判罚不可信 —— 应写进真跑规程

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## 1. 子 run 转终态不回写父节点 → 任务永久卡死（界面走查发现）

复现：org 节点的子 work run 第一次失败 → 父节点判 fail → 入口节点没有 fail 出边
→ blocked → 用户在中栏把子 run 修好跑到 completed → **父节点仍钉在 blocked，
root run 也钉住，org 层永远推不下去**。唯一人工出路是对 org 节点点「重试」，
而那会把整张子图重置到下一个 attempt，刚跑完的成果全丢。

根因：propagateToParent 的幂等守卫写的是 `parentNode.status !== 'running' → return`，
判据用错了维度——它想防「同一个结果被结算两次」，实际拦掉的是「子 run 换了个结果」。
subgraph 节点的状态本来就是从子 run 派生的，子 run 换了终态就该重新派生。

修法：新增 reviveParentFromChild，只认「转好」（fail/blocked → success），
且要求 parentNode.child_run_id 正是这个子 run。恢复走 **blocked → ready → running
→ success 三步合法转换**，而不是给全局放宽 NODE_TRANSITIONS——转换表是给所有调用方的
安全网，不该为一条恢复路径把 blocked → success 对外开放；三条 node.status 事件
也让「这个节点是被救回来的」在 timeline 上看得见。

补测试时才暴露的第二半：父 run 多半也钉在 blocked，而 RUN_TRANSITIONS 没有
blocked → completed，settleRun 在转换非法时是**静默跳过**的。所以复活时要先把
父 run 从 blocked 拉回 running（这条合法），否则节点复活了 run 还是卡着。

## 2. 边界守卫把并行 agent 的写算到当前节点头上（真 CLI 冒烟的断点）

真跑实测：招聘模板库里没有的角色走 hired_from_base，自动流水线起 agent-creator，
而它的 CLI workDir 就是 system/agents/agent-creator/——一个被 git 跟踪的目录。
它在里面重写自己的 todo.md、删一条 scheduled_tasks，被整仓 git diff 扫到，
归属算到当时正在跑的 work 节点，一个**真正成功**的节点被判 fail。
只要这些运行态文件还被 git 跟踪，每次含 hired_from_base 的招聘都稳定复现。

修法：splitUnattributable 把 agent 运行态文件（todo.md / plan.md / memory.md /
_lessons.md / .claude/scheduled_tasks.json）从越界证据里摘出去，单独记一条
unattributable，不参与判罚。摘除范围刻意窄——同目录下的 agent.md / config.json
等源码仍然算越界。

路径提取按「首个空白之前」切而不是固定偏移：diffRepoStatus 已去掉前导空格，
porcelain 状态位长度不定（修改类 "M path" 1 字符、未跟踪类 "?? path" 2 字符），
固定 slice(3) 恰好对**修改类**失效——而 agent-creator 改自己 todo.md 正是修改类。
这条单独立了一个回归用例。

ponytail: 这是缓解不是根治。根治要把运行态文件从 git 移出去（27-P3B W13），
本次只保证守卫不再冤枉节点；同一次招聘里 agent 若写了运行态文件之外的源码，
仍会算到当前节点头上。

测试 760/760 全绿（72 文件，起点 753/71）：新增 graph-engine-revive-parent.test.js
4 条 + graph-boundary.test.js 3 条。

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真 CLI 冒烟（worktree 隔离，PORT 3010）九轮来首次把 work 节点跑起来：
orggraph-planning 真跑 3 分钟自主裁成单 org node 零边图 → workgraph-planning
第 1 轮产出合法图 → **自己按 Step 6 把 brd-planning / planner-validator 雇进公司**
（W5/W6 核心验收成立，且 W7 判据生效、两者都没写进 org_graph_nodes）→
第一个 work 节点 brd-planning 真起 CLI 子进程，产出 brd.md / contract.json /
attempt-0.json 全部落在 run 目录内。图内预算仅 2 次调用 / 13998 tokens（上限 15）。

W5/W6 · workgraph-planning 自雇：撤掉「你不招人也不辞人」，Step 6 加招聘环节，
  写死「先雇、再提交图」的顺序，给出失败分级与幂等要求
W7 · work 层招聘不写 org_graph_nodes：按 type 与 work graph 骨架点名两条判据区分层级，
  P2 「hire org 角色 → org graph 出现该节点」的语义保持不变
W8 · 控制台「规划组织结构」按钮（抽成 ReplanOrgGraphButton.vue，带过渡态与秒表），
  接 POST /:companyId/org-graph/replan（该端点此前无任何前端调用方）；
  新增 fixtures/devloop-mock/orggraph-planning.json
W12 · 节点失败留痕：node.output 带 output_excerpt、新增 node.error 事件。
  真跑当场救场——守卫误判那条归因正是靠它才查得出来，
  换成之前看到的只有「节点 fail、无原因、无痕迹」

测试 753/753 全绿（71 文件，起点 736/68）。

已知未修（下一轮）：子 run 转终态不回写父 node_run 导致任务永久卡死；
applyBoundaryGuard 用整仓 git diff 判归属会把并行 agent 的写算到当前节点头上；
W12 的 fail_reason 未落库（概览 tab 仍为空）；POST /:cid/tasks 无前端调用方。

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测试 736/736 全绿（68 文件，起点 719/66，净增 17 条，未改任何既有断言）。

W1 · seed 接进启动流程 + 悬空行回收
- server/index.js 与 agent-server.js 均在 listen() 前调 runStartupSeedSafely()
  （幂等、失败降级记日志、不挡服务启动）
- seedTemplates() 此前**没有任何运行时调用方**，只有测试与手动脚本引用，
  于是 system/templates/ 新增本体永远进不了 system_agents，而
  work_graph_nodes.system_agent_id 是指向该表的外键
- 占位 id 回收：legacy_path 已失效的 company_hired 行改为可被 template 就地转正，
  保留行 id 以保外键。此前 seedTemplates 遇占用即 skip，导致污染不可逆：
  lookupSharedAgentMd 恒 null → hire 静默退回全量拷贝 → 模板改动对已雇公司不生效
- 生产库实查：company_hired 0 行（原 10 条悬空全清）、template 45、
  verifyCounts().ok=true、foreign_key_check 空

W2 · 项目根分配（四环闭合）
- ensureProjectRoot 复用 path-resolver.allocateProjectRoot（sandbox 模式）
- 分配 → 进 agent_call 与 planning 两处提示词 + callAgent metadata
  → 落 artifacts/project-root.json（wx 独占）→ readProjectRootRecord 读回
- 子 run 经 createRun 继承 root_run_id，跨层共享同一项目根
- 核实 data/companies/ 在 .gitignore 内，故项目根内的合法写入不会被 W3 守卫误报

W3 · 产出边界守卫（部分，文档如实标注）
- 真 CLI 是子进程直接写盘，引擎拦不住，守卫只能拒收结果、不能回滚
- 7 条「拦不住」的情形逐条列明；文档自述「在 cwd 隔离做掉之前，
  真跑仍应在可丢弃的工作副本里做」

W4 · 修验收 fail-open（性质严重）
- benchmark-validator / testdata-validator 的 Step 表教 agent 写 verdict:"fail"，
  而引擎 FAILING_VERDICTS={attributed,inconclusive} 不含它 → 契约非法的产物
  被判 success 放行。失效方向是放行不是拦截
- org-validator 的审计字段 verdict → audit_verdict：它与 work 层判词写同一路径
  （nodes/<nodeRunId>/attempt-<n>.json），此前只靠「该节点恰好是 subgraph」
  才没被 readNodeProduct 当判词读，属隐患藏在巧合里
- 新增防线 template-verdicts.test.js，从 graph-engine.js 源码取
  FAILING_VERDICTS / ATTRIBUTION_REASONS 扫全部模板；经三次变异验证有效
  （改回 "fail" / 改回 verdict / 造 "ok" 均变红并报精确行号）

真 CLI 冒烟未执行，两条理由（终验 agent 自行判断，符合任务给的门槛）：
① W3 按其自身文档明确「不是沙箱」且要求真跑在可丢弃副本里做，而当前是主仓库、
   持有未提交交付物、且有并行 agent 在写，W3 自述的误判项必然触发；
② 断点已零成本静态证明：getAgentConfig 解析裸名只查 system/agents/、
   从不查 system/templates/，resolveAgentName 不做按需 hire，实测 prd-planning /
   sdd-planning / benchmark-validator / testdata-validator / validator-triager /
   org-validator 全部 throw「Agent not found」。花 $3-8 复现已知断点无意义。
故「做完这四件就能真跑」不成立，真跑挪到 W5/W6 之后。

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界面走查（真 server + HTTP + 真 AgentManager，底层 mock 协议）已把
manual 模式全流程点通：org 节点起子图 → 下钻 work graph → 单步 →
第 3 步触发回退（徽标 0/3→1/3、run 级 1/5 双层计数同时可见）→
归因记录与 remediation_note 完整送达 → 收敛后父节点结算、左栏前移。

mock 侧补两处缺失接线（都是「四环漏一环」，非新功能）
- ClaudeCliProtocol._sendMockPrompt 按 agent 类型查 fixture：图执行侧的
  agent 名带公司前缀（resolveAgentName 返回 {cid}:{id}），fixture 不该
  按公司复制一份。DevLoop 侧名字不含冒号，行为不变
- graph-engine.defaultAgentExecutor 接住 mock/files 事件：此前只有
  DevLoop 的 loop-controller 接，图执行侧没接，于是 mock 下
  readNodeProduct 永远找不到 attempt-{n}.json，validator 系节点恒 blocked。
  写入限制在节点产物目录内，越界丢弃并留痕

新增 5 份 P3 fixture（workgraph-planning / prd-planning / sdd-planning /
coder-validator / validator-triager），coder-validator 用 sequence 演示
一次回退。图必须放 chunks 不能只放 result——callAgent 的 output 来自
流式 chunks，session/result 的文本不进 output。

控制台入口：CompanyDashboard 加「🕸️ 执行控制台」按钮（路由早已注册，
此前无任何入口，只能手敲 URL）。

scripts/p3-demo-setup.js：手工测试准备脚本（雇人+写图+起 run），头部
写明它是两个已知缺口的绕行，缺口修好后第 1 步即可删。

_registry.json 补齐 6 条本体登记（brd/prd/sdd-planning、goal-benchmark、
benchmark/testdata-validator）——同轮新增的 template-refs 防线测试正是
因为缺这 6 条而变红，防线抓到了「交付与报告不符」。

文档
- 27-REQ R-18：招聘归 workgraph-planning（方案 a）、停用 mock 改真 CLI
- 27-P3B 真实运行前置（新增）：11 个工作项分三批，含现状核实 10 条证据
  （seedTemplates 无运行时调用方、10 条悬空 company_hired 行、
   FAILING_VERDICTS 不含 "fail" 导致验收假放行等）

测试 719/719 全绿（66 文件）。

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命名轴是「节点在哪一层图里」，把散落的老 agent 归到它实际所处的层级：

  innovator → org-innovator      type='cxo'，是 org graph 层的节点
  hunter    → innovator-hunt     innovator work graph 第 1 阶段
  digester  → innovator-digest   第 2 阶段（输入是 hunt 产出）
  evolver   → innovator-evolver  第 3 阶段

依据：retrain-pipeline.js 的 stepConfigs 就是按 hunter → digester → evolver 顺序
跑的，行 231 明写 steps: ['re_hunt','re_digest','evolve'] —— 这三个本来就是
innovator 的 work graph 三阶段，只是名字没体现出来。

■ 迁移（scripts/migrate-agent-naming.js，--dry-run + 幂等可重跑）
- 8 个目录（system/agents/ + system/templates/），用 git mv 保留历史
- system_agents 表 4 行的 id 与 legacy_path
- 公司实例目录与 company.json.agents[]（本次无公司雇过这四个，实际 0 条）

■ 代码引用点（5 处，手工改）
- retrain-pipeline.js: stepConfigs 的 agent 字段 ×3、agentToStep 映射的 key ×3、
  call_sub_agent 的 evolver 判断
- agent-chat.js: agent 列表过滤里的 innovator
- company.js: 模板训练触发的 agentId

■ 刻意不动的三类同形异义（改了会坏）
1. skill 内部子目录名 {skillDir}/hunter/knowhow.md —— 那是 hunt/digest/evolve
   三阶段的产物目录约定，与 agent 名同形但不同义。涉及 open-api.js:402、
   retrain-pipeline.js:148/374、evolution-loop.js:178、sync-skills.js 的 INTERNAL_DIRS
2. skill 命名空间白名单 —— skill-dir-manager.js 的 CORE_SKILLS、
   migrate-trained-skills.js 的 SYSTEM_SKILLS，那里的 'innovator' 指同名 skill
3. conversations/ 与 system/tasklog/ 下的历史记录 —— 运行态数据，不改写历史

evolver-youtube-crawler 按 §3.4 列为待定，迁移脚本按精确目录名匹配，未误伤。

这四个重命名顺带解决了 27 号文档 §七 挂了很久的 6 个命名冲突 id —— 重命名后
system/agents/ 与 system/templates/ 下不再有同名目录（只剩 agent-creator 与
evolver-youtube-crawler 两个，前者是基础设施角色按规则不改名）。

验证：npm run test:unit 693 全绿（64 files）；test-company-e2e 114/114；
迁移脚本二次执行 dirs=0 dbRows=0 skipped=8（幂等）。

未触碰另一进程正在进行的 P3 文件（graph-engine.js / graph-run-sse.js /
work-graph-db.js / 27-p3-p4-work-graph-console.md / 27-requirement.md）。

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按 27-p3-p4-work-graph-console.md v0.3 实现，三轮开发+校验后测试全绿
（693/693，P2 26/26、DevLoop 230/230 未被打破，web:build 干净）。

服务层
- work-graph-db.js  定义层(work_graph_*) + 运行时层(graph_runs/graph_run_nodes/
  graph_run_loop_records) 五张表；状态转换表照 unit-registry 模式；
  复用 org-graph-service 四项校验 + 新增第五项 fail-fallback-edge
- graph-engine.js   advanceOne 幂等原语；agent_call / subgraph 两种 executor；
  手动与自动共用同一原语；双层熔断（单边 loop_count + 按 root_run_id 共池的
  backward_count）；任务级预算挂 root run；三层暂停/停止级联；
  重试按 contract_hash unchanged 判据
- graph-run-sse.js  按 run_id 广播，状态转换+timeline+SSE 三者原子化
- goal-contract.js  验收契约格式与执行器（R-15.6 验收先行）

引擎泛化（R-15.4）：org graph 与 work graph 走同一套 advanceOne，
定义层两套、运行时层一套，三层下钻用 parent_run_id 链。

R-16 失败归因：validator-reflection 专职归因节点；fail_reason 多边路由
（精确匹配→兜底边→死路）；子 run 收敛透传 success/fail + fail_reason +
remediation_note 三值；infra_flake 不烧任何计数。

路由 / 前端 / 模板
- routes/graph-run.js 八个端点；company.js 任务入口
- WorkGraphCanvas.vue 扩展 UnitsDAG（subgraph 角标、backward 虚线曲线、
  N/3 循环徽标、异常流程视觉降权）；GraphConsole.vue 三栏 + 四 tab 详情
- 五个新 agent 模板：validator-reflection / org-validator / planner-validator /
  coder-validator / workgraph-planning

命名统一（R-15.3 + NAMING §三）：org 节点改为 org-{职能}，
三个 org-graph 模板末节点收敛到 org-validator；org_graph_edges 加 fail_reason
列并把唯一索引补上该列（避免精确边与兜底边互相吞掉）。

三轮校验修掉的主要缺陷：subgraph 重跑不起新子 run 导致永久死锁；
SSE/timeline 零调用方；org 侧 fail_reason 写入被丢弃；fail-fallback-edge
只做了一层；backward_count 跨 run 树重置架空熔断外层；
seedEntryNodes 误点亮只有 fail 入边的节点。

已知缺口见后续提交：remediation_note 仅在 backward 边落库、
total_tokens 预算维度无生产方。

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■ 前端路由遮蔽（既有 bug，被 P2 的 T8 暴露）
web/src/router/index.js: CompanyAgentChat 的 path 是 /:id/agents/:agentId? ——
agentId 可选，导致它抢占 /:id/agents，而导航栏「Team」正是指向这个地址。
结果 CompanyDashboard 的团队 tab（连同 P2 新增的 Org Graph 区块）完全不可达，
点 Team 打开的一直是 AgentChat。改为 :agentId 必填。

■ Org Graph 空边时凭空画出流程链（P2 T8 的 bug）
0 条 forward 边时所有节点入度都是 0，全部落进拓扑序且 degraded=false，
模板照常在节点间渲染 → 箭头，凭空捏造出一条并不存在的流转顺序。
P0 迁移进来的存量公司（有节点无边）全部中招。新增 orgGraphNoEdges 判定：
这种情况只平铺、不画箭头，并明确提示「尚未定义流转顺序」。

■ create() 仍在建 goals/ 目录（我在 OKR 正名 74ea1ff 里的遗漏）
company-service.js 的 subdirs 列表没跟着 goals→okr 一起改，新建公司仍然产出
goals/ 空目录。改为 okr/。

■ test-company-e2e.js 从「第 4 个断言就崩」修到 114/114 全绿
该脚本长期整体失效，HEAD 版本同样全断言失败。四类问题：
1. 路径过期：data/{id}/ → data/companies/{id}/；data/templates/ →
   system/templates/；data/agents/master → system/agents/master
2. Phase 4 用 ceo 模板测「骨架是否完整复制」——但 system/templates/ceo/ 只有
   plan.md + todo.md，没有 agent.md/soul.md/config.json，测不出东西，且缺
   config.json 就没有 type='cxo'，company.ceo 也标不上。改用同为 cxo 且文件
   完整的 coo。（ceo 模板本身的残缺是另一个待补的问题）
3. 断言停留在 P1 之前：P1 虚拟引用（226489d）之后 agent.md 不再物理拷贝，
   改为 config.json.systemAgentRef + company-context.md。按新模型改写
4. 断言停留在 T5b 之前：模板不存在时返回 hired_from_base 而非 training

顺带记录一个设计缺口（未改，仅在测试注释里说明）：system/templates/base/
目前只有 agent.md + config.json，所以 base 继承出的骨架不含 soul.md /
identity.md / tools.md / todo.md，也不含 AgentScaffold 的标准子目录结构
（memory/short-term、knowledge、workspace 等）。这些依赖 agent-creator 填充。

另删除 OKR 迁移的 *.bak-goals 备份目录及其 .gitignore 规则。

验证：npm run test:unit 676 全绿；test-company-e2e 114/114；web:build 通过；
Chrome 实机确认 Team tab 可达、空边提示正确。

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用 9 个并行 agent 按「文件独占」划分实现 P2 的 T1-T9（T0 已于 2255f09 完成）。
详见 docs/todo/system-design/27-p2-org-graph.md §五。

阶段 A · 数据层
- graph-db.js: org_graph_nodes 加 status/reports_to_node_id（PRAGMA 探测后 ALTER，
  幂等）；全量唯一索引换成 WHERE status='active' 的部分索引，使「fire 后重新 hire
  同角色」可行；org_graph_edges 重建为执行流边（condition/edge_kind/status）
- graph-service.js: ensureOrgGraphNodeIndex 同步改建部分索引，且 upsertOrgGraphNode
  的 ON CONFLICT 必须写成 ON CONFLICT(company_id, role_name) WHERE status='active'
  —— SQLite 的冲突目标要与部分索引谓词逐字对应，否则整条 INSERT 直接失效
- org-graph-service.js（新）: validateGraph 四项校验 + writeGraph/patchGraph/
  getGraph/removeNode，事务化，节点软删除级联失效相关边
- routes/company.js: 四个端点 POST/PATCH/GET /org-graph + POST /org-graph/replan；
  /create 接入自动招聘 orggraph-planning + 异步触发（失败降级为空壳公司）；
  /fire 接入节点软删除

阶段 B · 自动生成
- system/org-graph-templates/{dev,content,ops}.json + README：三张三段式骨架
  （规划→执行→验收，验收失败回退到执行节点），角色名遵循 {domain}-{职能}
- system/templates/orggraph-planning/：新 system agent（type='meta-bootstrap'），
  含 §4.1 八步工作流
- company-service.js: 模板不存在时从 system/templates/base/ 元 agent 继承骨架
  （自动带 RESEARCH→PLAN→EXECUTE→VERIFY 四段式）+ agent-creator 填充，
  新建 agent scope='company'。这是 27-E2E §八bis 元 agent 继承的落地点

阶段 C · 展示
- CompanyDashboard.vue: 组织流程拓扑链渲染 + 空态降级 + 环深度保护

并行编排中发现并修复的三处（均不在原任务划分内）：
- AppNav.vue 建公司表单缺 goal 输入框 —— T0 只改了后端，前端表单没同步，
  company-goal 实际传不进来。这是上一轮 T0 的遗漏
- graph-seed-service.js 会把 type='meta-bootstrap' 的 orggraph-planning 塞回
  org graph，与 hire() 的 guard 不一致
- graph-agent-p1-acceptance.test.js: hire 未知角色的返回从 needs_training 改为
  hired_from_base（T5b 的行为变更），断言同步

验证（独立复核，非 agent 自述）：
- npm run test:unit 676 passed / 63 files（基线 652，+24 为新增的 org-graph 用例）
- npm run web:build 通过
- 三个模板 JSON 实跑 validateGraph 全部通过；四类非法图各自被对应 rule 拒绝；
  writeGraph→getGraph→removeNode 级联验证通过（删中间节点后 3 条边全部失效）

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起因：逐条比对 27-REQ 的原话与 P2 v0.4，发现四处偏离，其中两处是设计悄悄
改变了原意。本次修正并落定。

代码（P2 §五 T0）：
- company.json 新增 goal 字段（company-goal），create({id,name,goal,description})
- POST /api/company/create 与 update() 同步支持
- 修的是一个实打实的遗漏：R-6 原话是"写入 company 的目标和描述"（两个字段），
  而 create() 一直只有 description。orggraph-planning 规划流水线的主依据本该是
  company-goal，此前根本拿不到。

文档定案（R-13）：
- R-13.1 goal 三层递归：company-goal / task-goal / subagent-goal，与"验收逐层
  递归"对应。澄清 R-12 说的"唯一的那个 goal"其实是 task-goal；三个验收 agent
  保持通用不按层级拆分。记录一处待定：subagent-goal 按执行者命名，与另两个的
  作用域命名轴不一致（按轴应为 subtask-goal）。
- R-13.2 公司类型完全由 orggraph-planning 推断 —— 这条**推翻了我自己记的一个
  缺陷**：审计时我把"不加 type 枚举字段"记为擅自偏离原话，实际那正是所需，
  当前设计无需改动。
- R-13.3 新 agent 从 system/templates/base 元 agent 继承骨架（自动带四段式
  RESEARCH→PLAN→EXECUTE→VERIFY）+ agent-creator 填充，而非直接走 needs_training
  全量培养；新建一律 scope='company'；innovator 训练是可选后置步骤。
  这是 R-9.2"所有 node agent 由元 agent 继承生成"在 P2 的落地点（新增 T5b）。
- R-13.4 org graph 强制单入口，原 open question 关闭。

顺带修掉 P2 的一处内部不一致：§六 承诺"提供手动触发 orggraph-planning 的端点"
给存量公司补图，但 §四.3 API 表和 §五 任务表都没有。已补 POST …/org-graph/replan。

另更正 R-11 中"代码层未执行"的过期表述——OKR 正名已于 74ea1ff 实施完毕。

回归：npm run test:unit 652 例全绿。

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代码层：
- server/services/goals.js → okr-service.js；GoalsService → OkrService
  · this.goalsDir → okrDir，目录 goals/ → okr/
  · ID 前缀 G- → O-；落盘文件 goal.json → objective.json
  · updateGoal → updateObjective，_nextGoalId/_saveGoal 等同步改名
  · parseNodeId 层级名 ['Goal','Objective','KeyResult','SubTask']
    → ['Objective','KeyResult','SubTask','SubTask']（OKR 无 Goal 这一层）
- server/routes/goals.js → okr.js；:goalId → :objectiveId
- 7 处调用点同步：index.js / agent-server.js / agent-chat.js / company.js /
  company-heartbeat-service.js / prompt-builder.js / test-company-e2e.js
- 前端 OkrDashboard.vue / CompanyDashboard.vue 切到 /api/okr（前后端命名终于一致）
- bin/lemon.js 新增 okr create/add-node/list/status

向后兼容（不破坏任何现有调用方）：
- /api/goals/* 与 /api/company/:cid/goals/* 全部保留为别名，与新路径同时挂载
- task dispatch/report 同时接受 objectiveId(新) 与 goalId(旧)，写入时两字段都留
- bin/lemon.js 保留 goal * 命令别名

迁移脚本 scripts/migrate-goals-to-okr.js（npm run okr:migrate）：
- 目录 data/{,companies/*/}goals/ → okr/；条目 G-xxx → O-xxx
- 改写 objective.json 的 id / nodes 的 key / children 数组、_index.json、
  progress.json 的 goalId、history.log 文本、system/tasklog/*.json 的 goalId+nodeId
- --dry-run 预演；幂等；迁移前自动备份为 *.bak-goals（已加入 .gitignore）
- 处理一个反直觉边界：OkrService 构造函数会自动 mkdir 目标目录，"okr/ 已存在"
  不等于"已迁移过"——只要服务被 require 过一次就留下空壳。用 isEmptyOkrDir()
  区分空壳与真实数据，空壳移除后继续迁移。这个 bug 是在 fixture 上验证时发现的。
- 同样在 fixture 上发现并修掉：nodeId 的值漏改写、tasklog 迁移不幂等

验证：新增 server/tests/unit/okr-service.test.js（7 例，覆盖新命名工作正常 +
迁移纯函数的 ID 改写）；全量 npm run test:unit 652 例全绿。

范围说明：NAMING §五 的 benchmark 三分（skill-/agent-/goal-）本轮未动代码——
该节自身的建议就是存量保持现状、只对新增代码强制前缀，因为 benchmark_runs 等表
服务于线上 Arena 排行榜，改表名/路由是另一次独立迁移。
§二-四 的新 agent id 尚不存在实体，待 P2/P3 实现时按规范创建。

已知遗留（非本次引入）：server/scripts/test-company-e2e.js 早已失效——它按
data/{id}/ 找公司，而 company-service 用的是 data/companies/{id}/，在 HEAD 版本
同样全部断言失败。本次只同步了其中的 OKR 命名，未修这个路径问题。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

四处写 _registry.json 的地方都用 JSON.stringify(registry, null, 2) 直接落盘，
不带末尾换行。文件在仓库里是带换行的，导致任何一次 hire()/depositTemplate()/
模板增删改之后，git diff 都会多出一行 "\ No newline at end of file" 的噪音，
把真实的数据变更淹掉。

写入点：
- company-service.js:374  depositTemplate()
- company-service.js:824  _updateTemplateUsedCount()
- routes/company.js:86    PATCH /templates/:templateId
- routes/company.js:120   DELETE /templates/:templateId

同时提交一次真实的运行时数据变更：qa-judge usedCount 7 → 8。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

# Conflicts:
#	system/agents/master/.claude/scheduled_tasks.json

…_DIR move, stray files

- CLAUDE.md: document DevLoop subsystem (spec-first workflow, project root/git-vault,
  mock mode, L1 loop, unit layout, audit trail) and add missing test commands
- server/routes/agent-chat.js, server/services/task-service.js: TASK_META_DIR moved
  from system/agents/.tasks to system/tasklog
- system/agents/master/.claude/scheduled_tasks.json: scheduled task state update
- remove stray memory/daily/2026-04-02.md and a garbled-filename artifact left under
  system/agents/digester-youtube-crawler/

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

hire() now checks system_agents (source_kind='template') before provisioning a new
company agent: if the role has a shared template row, skip copying agent.md and
instead let AgentManager.getAgentConfig()/PromptBuilder.build() resolve the prompt
from the shared legacy_path at call time, with per-company context assembled from a
new company-context.md. Roles without a template row (including the 6 ids that exist
in both system/agents/ and system/templates/, e.g. evolver-youtube-crawler) fall back
to the existing full-copy behavior unchanged.

- server/services/graph-service.js (new): lookupSharedAgentMd(), upsertOrgGraphNode()
- server/services/company-service.js: hire() reference-mode branch, _provisionReferenceAgent()
- server/src/core/agent-manager.js: getAgentConfig() resolves prompt/companyContextPath
- server/src/core/prompt-builder.js: build() concatenates company-context.md
- unit + integration tests covering all 6 acceptance criteria from
  docs/todo/system-design/27-p1-virtual-reference.md §6, including a regression test
  against the real idearun:evolver-youtube-crawler naming-collision case

Full regression suite (587 tests) passes; independent adversarial review found 0
blocking/major issues.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

Adds server/services/graph-db.js (new data/graph.sqlite: system_agents,
org_graph_nodes, org_graph_edges) and graph-seed-service.js, which scans
system/agents/, system/templates/, and data/companies/*/company.json into
seed rows without touching company-service.js's existing hire/copy path.

Real repo data diverged from the design doc's original estimates (8 not 10
global agents; 39 not 34 template dirs; system/agents/ and system/templates/
turn out to share 6 ids describing the "same" agent from two different
files) — documented in docs/todo/system-design/27-graph-agent-architecture.md
section 7 for P1/P2 to resolve.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

First successful real-CLI agent invocation. After REAL.1 (system-prompt
injection) + REAL.2 (mtime-diff file detection) wired, the only remaining
gate was Claude auth. Once CLAUDE_CODE_OAUTH_TOKEN was added to the
project .env, scripts/real-pm-smoke.js completed cleanly:

  Wire-up status:
    ✓ process spawn
    ✓ stream chunks       (3)
    ✓ result text          (Claude returned "DONE")
    ✓ files written        (6: prd/index, feature-tree, user-flows,
                              product/overview, assets/shell.{css,js})
    ✓ git commit           (8cb0493)
  5/5 checks passed · elapsed 163s

PM output quality (real Claude, not mock):
- valid <article data-doc="prd" data-rev="1"> + <section data-rev="1">
  structure per system prompt
- nav links use correct relative paths across 4 chapters
- pid (p-7gwlbl) embedded in HTML metadata
- 中文 prose in the requested 克制 voice

Spec-deviation confirmed (no MCP tool gateway yet — Claude only has
built-in Read/Write/Bash):
- ✗ agent-state/pm.json (no update_runtime_state tool)
- ✗ agent-state/pm-todo.json (no write_todolist tool)
- ✗ history/prd-rev-001.html (no archive_doc tool)
- ✗ timeline.ndjson 'prd_drafted' event (no timeline_append tool)
- ✓ core PRD site IS produced — sufficient to prove pipeline

──── code ────

- scripts/real-pm-smoke.js — loads root .env via dotenv resolved
  from server/node_modules (script dir has no node_modules of its own).

──── ambient ────

Files modified by user/linter while real-CLI work was in flight; merged
without revert:
- server/routes/devloop.js — new GET /:pid/requirements endpoint
- server/services/devloop/path-resolver.js — listProjects() includes
  archived flag + helpers; supports project archive lifecycle
- server/services/devloop/git-vault.js — commit() now accepts files[]
  to scope which paths the commit covers (avoids dragging linked-existing
  user's unstaged files into chore commits)
- server/src/core/devloop/loop-controller.js — createProject uses
  explicit files:['project.json','timeline.ndjson'] for first chore
  commit (avoids same issue)
- server/tests/devloop/path-resolver.test.js — coverage for archive/
  patch/hardDelete helpers
- web/src/components/devloop/RequirementListSection.vue (new)
- web/src/views/DevLoopNewRequirement.vue (new)
- web/src/views/DevLoopDashboard.vue — mounts RequirementListSection
- web/src/views/DevLoopProjects.vue — list page polish
- web/src/router/index.js — adds /devloop/:pid/requirements/new route
- web/src/components/devloop/DashboardHeader.vue — back link tweak

Test results: 233/233 vitest pass (was 230 → +3 path-resolver cases).

──── ⚠ SECURITY NOTE ────

.env is currently TRACKED in git (committed in b1a348b) even though
.gitignore lists it. Existing committed contents include credentials for
DOUBAO / FEISHU / GITHUB / GOOGLE / JWT. The CLAUDE_CODE_OAUTH_TOKEN +
AZURE_OPENAI_API_KEY I just added to .env are NOT in this commit — they
stay in your working tree only.

Recommended follow-up (separate commit):
  git rm --cached .env
  git commit -m "chore: stop tracking .env (already gitignored)"
And rotate every key that was in the previous committed .env.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

Two parallel pieces of plumbing — neither has been exercised end-to-end yet
(real CLI gated on `claude /login`; Projects list view served alongside
existing pages):

──── real-CLI wire-up (REAL.1 + REAL.2) ────

LemonBoss now has a clean toggle between mock & real Claude CLI:

- packages/acp-core/protocol/ClaudeCliProtocol.js
  * `options.systemPrompt` → `--append-system-prompt <prompt>` so each
    devloop agent receives its role-specific prompt.md without losing
    Claude's default tool-use conventions.
  * `options.maxBudgetUsd` → `--max-budget-usd` (note: only effective in
    `--print` mode; documented inline).

- server/src/core/devloop/loop-controller.js
  * callAgent now branches on `opts.mock`:
    - mock (P1-P5 path, untouched): fixture sequence + `mock/files` event
    - real: read system/templates/{agent}/prompt.md, pass as systemPrompt,
      snapshot project file mtimes pre-call, diff post-call to compute
      `files_written` — no fixture, no mock/files needed.
  * `_snapshotMtimes(root)` helper walks the project tree (skipping
    .git / node_modules / .cache / .tmp) and returns Map<relPath,mtime>.
  * timeline event payload now carries `real: true` flag.

- scripts/real-pm-smoke.js — minimal real-CLI sanity:
  spawns claude, injects PM prompt, prints which files were written +
  git commit sha. Hard timeout 5min. Single agent → expected spend
  $0.10-0.30 per run when authenticated.

Current status: process spawn + system-prompt injection + stream-json
flow all verified up to the `Not logged in · Please run /login` gate.
Auth is the only remaining blocker for executing the real smoke.

──── project CRUD routes ────

server/routes/devloop.js + server/services/devloop/path-resolver.js
add the lifecycle pieces the Projects list view needs:

- GET    /projects?include_archived=true   list w/ archive filter
- PATCH  /projects/:pid                    edit name + idea_summary
- DELETE /projects/:pid                    soft delete (archive)
- DELETE /projects/:pid?hard=true          hard delete (rm -rf sandbox;
                                            unregister linked)
- POST   /projects/:pid/restore            un-archive

path-resolver exposes matching helpers: listProjects({includeArchived}),
patchProjectMeta(pid,patch), hardDeleteProject(pid).

──── UI ────

- web/src/views/DevLoopProjects.vue (320 lines, new)  — Projects list
- web/src/router/index.js — adds `/devloop` → DevLoopProjects
- web/src/components/devloop/DashboardHeader.vue — back-link now points
  to `/devloop` (project list) instead of `/company`.

──── housekeeping ────

- CLAUDE.md / start.sh — start.sh now boots server/index.js (full route
  surface incl. /api/devloop) instead of the historical agent-server.js;
  docs updated to reflect this.

──── tests (+12) ────

- server/tests/devloop/routes-crud.test.js — 12 cases:
  PATCH validation (4) · soft DELETE + list filter (4) · POST /restore
  (1) · hard DELETE (2) · GET /projects default behavior (1).

Results:
- phase0-verify .. phase5-verify: 8+7+7+6+9+9+7 all pass
- vitest devloop+acp-core: 230/230 (was 218 → +12)

Specs:
- docs/prd/newfunction/_spec/arch-acp-bridge.md · Mock Mode
- docs/prd/newfunction/_spec/plan-migration.md · "自举乐趣" (real path
  prep)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

First concrete code commit for DevLoop. Implements all 7 services that
P0.A tools will depend on, per plan-migration P0.0.

Services (server/services/devloop/, ~900 lines):
- path-resolver.js   foundation — resolveProjectRoot + 12 derived paths;
                     sandbox + linked-new mode support; sensitive path
                     blacklist (with /tmp + os.tmpdir() exemptions);
                     ~/.devloop/linked-projects.json registry
- doc-store.js       PRD/SDD multi-file site IO + cheerio validateHTML +
                     validateUnitsSchema + canonical-JSON hashContract
                     + automatic history/ archival
- unit-registry.js   FSM (M-2: pending→coding→testing→passed/failed/blocked);
                     l2GateOpen; diffUnits (added/changed/removed);
                     reset semantics for L2 + L3
- bug-tracker.js     bugs.ndjson append-only + dedupKey + P-9 transition
                     state machine + list/stats/history aggregation
- timeline-logger.js M-13 ProcessTimeline — append/read/tail;
                     summary truncate to 280; payload oversize → ref form
- changelog-writer.js M-15 — append/read/latest for prd/sdd/units revs
- sse-broker.js      per-pid pub/sub + 25s heartbeat + stream.log replay
                     via Last-Event-ID; emit returns monotonic id
- git-vault.js       spawn-git wrapper — init/commit/tag/log/diff/status/
                     resetWorkingTree/revert/archive; per-pid mutex;
                     nothing-to-commit returns {skipped:true} not throw

Tests (server/tests/devloop/, 71 passing):
- path-resolver.test.js  (17 cases) — sensitive path · sandbox alloc · linked-new
- doc-store.test.js      (12 cases) — validateHTML · validateUnitsSchema · hashContract
- unit-registry.test.js  (15 cases) — FSM transitions · l2GateOpen · diffUnits
- bug-tracker.test.js    (10 cases) — open dedup · transition · list filter · history
- timeline-logger.test.js (9 cases) — append/read/tail · summary truncate · oversize
- git-vault.test.js      (8 cases)  — init idempotent · commit · tag · status · archive

vitest config (`globals: true`) means tests use describe/it/expect globally,
no `require('vitest')` needed (and would fail under vitest 4).

Dep added: cheerio@^1.0.0 (used by docStore.validateHTML; HTML parsing).

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

Layer 1 (P0): Per-agent session mutex
- heartbeat-service.js: skip heartbeat if previous session still active (30min safety valve)
- agent-chat.js: reject concurrent /chat requests for same agentId with different convId (429)
  Multi-turn conversations on same convId still work normally

Layer 2 (P1): Advisory file lock utility
- server/utils/file-lock.js: O_EXCL-based .lock file mechanism
  Auto-cleanup stale locks, graceful degradation on timeout

Root cause: HeartbeatService creates new convId per heartbeat, spawning
independent Claude CLI processes that concurrently write config.json and
SKILL.md, causing rollbacks and FRAUDULENT scores.

…to prevent EADDRINUSE

Fixed 4 hidden bugs where path.join(DATA_ROOT, "system", ...) was used instead
of direct path.resolve to root-level system/:

- agent-chat.js: billing log scan (line 804) and agent list scan (line 909)
- company-service.js: TEMPLATES_DIR and GLOBAL_AGENTS_DIR constants
- heartbeat-service.js: system agents scan directory

These were missed because they used path.join with a variable (DATA_ROOT)
rather than the literal string "data/system" that sed caught.

- Moved data/system/ → system/ (agents, templates, skills, data, workspace)
- Updated all server route/service path references
- Updated all script path references
- Updated all documentation references
- Restructured .gitignore for cleaner system/ vs data/ boundary

system/ = platform-shared assets (system agents, template library)
data/ = tenant-specific company instance data

- Add TaskTimeline.vue: two-pane dashboard with task list + message timeline
- Add task-service.js: aggregate cross-agent conversations into task tree
  - 4-strategy parent-child inference (explicit meta, time-overlap, conv→tpl, master→T)
  - Read messages.log for full tool call details (not just history.json)
- Add tasks.js API routes: GET /api/tasks, GET /api/tasks/:taskId/timeline
- Mount /api/tasks in agent-server.js
- Add 'Task Logs' nav entry in AppNav.vue after Templates
- Support taskId in URL (/tasks/:taskId?) for sharing/bookmarking
- Add --parent flag to CLI task dispatch for explicit parentTaskId
- Auto-detect parentTaskId in task/dispatch from sender's active task
- Add --instructions flag to template train CLI command
- Update master tools.md with new parameters

…ictly enforce empty shell company creation