宜博 / lemonboss

system/templates/ 已随 28 号改造整体并入 system/agents/，目录在磁盘和 git 里都已不存在。
但引用还散在各处，其中几处是 agent 运行时真会照着读写的：

本体提示词（读不到就静默降级，不报错）
  workgraph-planning/agent.md   system/templates/base/ ×3、模板库路径 ×1
  orggraph-planning/agent.md    同上 ×1
  orggraph-planning/tools.md    ×1
  org-innovator/agent.md        四条产出落点 system/templates/weibo-scraper/train/*

skill 代码里的硬编码目标
  evolver-youtube-crawler 的 refactor.js / mock_setup.js / evolve.js 共 4 处
  innovator-hunt/collect_seed.js —— 这处是真 bug 且已发作过：
    写的是裸相对路径 'system/templates/…'，相对 cwd 解析，于是在 agent 自己目录下
    造出一棵野生嵌套树 system/agents/innovator-hunt/system/templates/…
    现在改成由 __dirname 推导，不再依赖 cwd（cwd 已经是深度 3 的任务态目录）

图模板契约（work-graph-templates / org-graph-templates 的 README）
  CI 防线的三条规则写的还是「在 system/templates/ 下必须有目录」「在
  system/templates/_registry.json 里必须有条目」，与实际执行的检查已经对不上

DevLoop PRD（13 份 HTML + 重新生成的 52 份 _spec + build-manifest + search-index）
  写的是 system/templates/devloop-pm.md（扁平 .md）。根和形状都错：
  loop-controller.js:166 实际读的是 system/agents/{agentName}/prompt.md。
  按真实形状改，然后跑 spec:extract / extract-manifest / build-search-index 重新生成。

顺带订正两处早于本次改造就已过期的内容：
- 「避开 6 个命名冲突 id」这条约束列的 digester / evolver / hunter / innovator
  四个 id 根本不存在（早已改名），而它的理由（两个目录下各有一份、内容不同步）
  也已随合并消失。约束保留（元 agent 本来就不该进执行流），理由与清单按实际本体重写。
- orggraph-planning/agent.md 里「真相源是 company.json.agents[]」——
  28 号起真相源是 company_agents 表，company.json.agents[] 仅作兼容保留。

刻意不动的三类（改了是净损失）：
  历史说明   server/ 下解释「原来指向 X、批次 1 并进了 Y」的注释、docs/done/、tasks/
  完成证明   server/tests/ 里断言该目录已不存在的守卫
  运行态记录 未跟踪的 workspace/ conversations/ 与 train/ 下的历次训练报告

新增 server/tests/unit/no-stale-templates-path.test.js 守住活定义这一档：
扫 system/ 与 fixtures/ 下被 git 跟踪的文件（跟踪=人工维护的定义，
未跟踪=运行态产物），零例外。带「样本非空」前置断言防 git 失灵时退化成永远通过。
改坏一处实测能精确点名到文件行号。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

设计见 docs/done/system-design/28-agent-registry-unification.md。

改造前 Agent 本体散在三处（system/agents/ 11 个、system/templates/ 50 个、
data/companies/{id}/agents/ 17 个），同一个 AgentScaffold 被三个 baseDir 实例化。
后果是同一角色在 N 家公司下有 N 份互不相干的副本，模板更新不会同步；
org-coder / org-planner 这类走 hireFromBaseMetaAgent 造出来的本体
legacy_path 指回自己公司目录，永远无法被第二家公司复用。

本次：
- G1 单一注册表：system/templates/ 整体并入 system/agents/，base → _base。
  7 个同名 id 逐个裁决，被丢弃的一份归档到 docs/_archive/ 而非删除。
  source_kind(template/global_agent/company_hired) → origin(builtin/created)。
- G2 运行态下沉：CLI 的 cwd 从本体根改为 system/agents/{aid}/{cid}/{taskId}/。
  memory / conversations 落公司态 {aid}/{cid}/，按公司隔离不串。
  sessionPool 的 key 含 (companyId, taskId)，两家公司调同一 agent 不复用会话。
- G2b 产物不下沉：交付物仍落 data/companies/{cid}/，system/agents/ 只留运行痕迹。
  写入边界按链路分叉——graph 节点走节点私有目录（被 indexNodeOutputs 索引），
  chat 走公司 workspace，同一提示词里不再出现两条互斥指令。
- G3 公司只存引用：data/companies/{id}/agents/ 删除，新增 company_agents 关联表。
  不复用 org_graph_nodes——后者是执行流图，work 层本体被雇时不写它，天生覆盖不全。
- G4 缺则创建：本体缺失时从 _base 复制骨架进 system/agents/{id}/，
  agent-creator 填 agent.md/soul.md 后才从 draft 转 active（哨兵判据，
  骨架未填时哨兵仍在，不许被 hire）。产物即刻是全系统可复用的本体。

新增 server/services/agent-locator.js 收编原先散在 6 处的寻址逻辑。

边界守卫（graph-engine）的豁免从「本体根上五个文件名」放宽为整棵 system/agents/：
新本体的骨架本来就要进 git，gitignore 挡不住 ?? system/agents/{newId}/，
旧判据会把一个真正成功的招聘节点判成 boundary_escape fail。

存量迁移见 scripts/migrate-agent-registry.js（幂等，备份到 data/_migration-backup-*）。

真 Claude CLI E2E 已验证：新建公司 → orggraph-planning 自动规划 →
自动招聘 org-planner/org-coder/org-validator 三节点流水线；
data/companies/{cid}/agents/ 不存在，company_agents 4 行，
system_agents 56→56（零新建私有本体，纯复用），git status 零增量。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

■ 前端路由遮蔽（既有 bug，被 P2 的 T8 暴露）
web/src/router/index.js: CompanyAgentChat 的 path 是 /:id/agents/:agentId? ——
agentId 可选，导致它抢占 /:id/agents，而导航栏「Team」正是指向这个地址。
结果 CompanyDashboard 的团队 tab（连同 P2 新增的 Org Graph 区块）完全不可达，
点 Team 打开的一直是 AgentChat。改为 :agentId 必填。

■ Org Graph 空边时凭空画出流程链（P2 T8 的 bug）
0 条 forward 边时所有节点入度都是 0，全部落进拓扑序且 degraded=false，
模板照常在节点间渲染 → 箭头，凭空捏造出一条并不存在的流转顺序。
P0 迁移进来的存量公司（有节点无边）全部中招。新增 orgGraphNoEdges 判定：
这种情况只平铺、不画箭头，并明确提示「尚未定义流转顺序」。

■ create() 仍在建 goals/ 目录（我在 OKR 正名 74ea1ff 里的遗漏）
company-service.js 的 subdirs 列表没跟着 goals→okr 一起改，新建公司仍然产出
goals/ 空目录。改为 okr/。

■ test-company-e2e.js 从「第 4 个断言就崩」修到 114/114 全绿
该脚本长期整体失效，HEAD 版本同样全断言失败。四类问题：
1. 路径过期：data/{id}/ → data/companies/{id}/；data/templates/ →
   system/templates/；data/agents/master → system/agents/master
2. Phase 4 用 ceo 模板测「骨架是否完整复制」——但 system/templates/ceo/ 只有
   plan.md + todo.md，没有 agent.md/soul.md/config.json，测不出东西，且缺
   config.json 就没有 type='cxo'，company.ceo 也标不上。改用同为 cxo 且文件
   完整的 coo。（ceo 模板本身的残缺是另一个待补的问题）
3. 断言停留在 P1 之前：P1 虚拟引用（226489d）之后 agent.md 不再物理拷贝，
   改为 config.json.systemAgentRef + company-context.md。按新模型改写
4. 断言停留在 T5b 之前：模板不存在时返回 hired_from_base 而非 training

顺带记录一个设计缺口（未改，仅在测试注释里说明）：system/templates/base/
目前只有 agent.md + config.json，所以 base 继承出的骨架不含 soul.md /
identity.md / tools.md / todo.md，也不含 AgentScaffold 的标准子目录结构
（memory/short-term、knowledge、workspace 等）。这些依赖 agent-creator 填充。

另删除 OKR 迁移的 *.bak-goals 备份目录及其 .gitignore 规则。

验证：npm run test:unit 676 全绿；test-company-e2e 114/114；web:build 通过；
Chrome 实机确认 Team tab 可达、空边提示正确。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

代码层：
- server/services/goals.js → okr-service.js；GoalsService → OkrService
  · this.goalsDir → okrDir，目录 goals/ → okr/
  · ID 前缀 G- → O-；落盘文件 goal.json → objective.json
  · updateGoal → updateObjective，_nextGoalId/_saveGoal 等同步改名
  · parseNodeId 层级名 ['Goal','Objective','KeyResult','SubTask']
    → ['Objective','KeyResult','SubTask','SubTask']（OKR 无 Goal 这一层）
- server/routes/goals.js → okr.js；:goalId → :objectiveId
- 7 处调用点同步：index.js / agent-server.js / agent-chat.js / company.js /
  company-heartbeat-service.js / prompt-builder.js / test-company-e2e.js
- 前端 OkrDashboard.vue / CompanyDashboard.vue 切到 /api/okr（前后端命名终于一致）
- bin/lemon.js 新增 okr create/add-node/list/status

向后兼容（不破坏任何现有调用方）：
- /api/goals/* 与 /api/company/:cid/goals/* 全部保留为别名，与新路径同时挂载
- task dispatch/report 同时接受 objectiveId(新) 与 goalId(旧)，写入时两字段都留
- bin/lemon.js 保留 goal * 命令别名

迁移脚本 scripts/migrate-goals-to-okr.js（npm run okr:migrate）：
- 目录 data/{,companies/*/}goals/ → okr/；条目 G-xxx → O-xxx
- 改写 objective.json 的 id / nodes 的 key / children 数组、_index.json、
  progress.json 的 goalId、history.log 文本、system/tasklog/*.json 的 goalId+nodeId
- --dry-run 预演；幂等；迁移前自动备份为 *.bak-goals（已加入 .gitignore）
- 处理一个反直觉边界：OkrService 构造函数会自动 mkdir 目标目录，"okr/ 已存在"
  不等于"已迁移过"——只要服务被 require 过一次就留下空壳。用 isEmptyOkrDir()
  区分空壳与真实数据，空壳移除后继续迁移。这个 bug 是在 fixture 上验证时发现的。
- 同样在 fixture 上发现并修掉：nodeId 的值漏改写、tasklog 迁移不幂等

验证：新增 server/tests/unit/okr-service.test.js（7 例，覆盖新命名工作正常 +
迁移纯函数的 ID 改写）；全量 npm run test:unit 652 例全绿。

范围说明：NAMING §五 的 benchmark 三分（skill-/agent-/goal-）本轮未动代码——
该节自身的建议就是存量保持现状、只对新增代码强制前缀，因为 benchmark_runs 等表
服务于线上 Arena 排行榜，改表名/路由是另一次独立迁移。
§二-四 的新 agent id 尚不存在实体，待 P2/P3 实现时按规范创建。

已知遗留（非本次引入）：server/scripts/test-company-e2e.js 早已失效——它按
data/{id}/ 找公司，而 company-service 用的是 data/companies/{id}/，在 HEAD 版本
同样全部断言失败。本次只同步了其中的 OKR 命名，未修这个路径问题。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

- CompanyHeartbeatService: company-level heartbeat with timer registration
- Auto-trigger: cron-based pipeline scheduling (intervalHours)
- Active run driving: dispatch tasks to agents, timeout detection
- CEO heartbeat: periodic company status check
- Pipeline cron field support in definitions
- Registered in server startup alongside agent heartbeat
- E2E test: 113/113 passed (all phases + autonomous loop)

- PipelineService: define pipelines with ordered agent-assigned steps
- Run lifecycle: start → markStepStarted → advanceStep → complete
- Step output automatically flows as next step input
- Pipeline CRUD + Run management REST API routes
- E2E test: 106/106 passed (Phase 1 + 2 + 3 + 4)

- GoalsService refactored: constructor accepts optional companyId
  - With companyId: goals stored in data/{companyId}/goals/
  - Without: backward-compatible data/goals/ (global)
- Company Goals REST API: full OKR CRUD under /api/company/:id/goals
- OKR isolation verified: different companies have independent goal spaces
- E2E test: 81/81 passed (Phase 1 + 2 + 3)

- scaffoldNewAgent: create agent skeleton via AgentScaffold directly
- depositTemplate: benchmark gating (≥95) + auto-deposit to templates/
- hireWithTraining: full flow (template lookup → scaffold fallback)
- Company route: /hire uses hireWithTraining, new /deposit-template endpoint
- E2E test: 69/69 passed (Phase 1 + Phase 2)

- CompanyService: CRUD (create/get/list/update/shutdown)
- Agent Hiring Pipeline: template lookup → copy → context injection
- Template registry (_registry.json) with CEO and qa-judge initial templates
- resolveAgentDir(companyId, agentId) unified agent directory resolution
- Company REST API routes (/api/company/*)
- E2E test: 46/46 passed

…ze Chinese keyword extraction

- Fix: The long trailing history in todo.md drowned out the actual current task keywords because English tokens (e.g. TASK, P2, from) padded the 30-keyword limit beforehand.
- Updated extractKeywords: Process Chinese characters first as they carry more weight for NLP context intent.
- Added userMessage prefix to searchText in buildSystemPrompt so newly dispatched tasks dominate keyword extraction.
- End-to-end e2e test created and passed (27/27 asserts passed)

Phase 3 features:
- autoReflect: auto-trigger on complex conversations (toolCount>=3 or duration>=60s)
  - Extracts patterns from successful conversations
  - Extracts lessons from failed conversations
  - Auto-solidifies cerebellum plans from 5+ tool-call successes
  - Writes reflection logs to memory/reflections/
  - Updates memory.md 'verified patterns' and 'lessons learned' sections
- consolidateMemory: merge short-term sessions older than 7 days into long-term/
  - Extracts frequent keywords across merged sessions
  - Writes consolidated summary to long-term/consolidate-{date}.md
  - Updates long-term/patterns.md with high-frequency patterns
- generateDailyReport: aggregate today's sessions and reflections into daily/{date}.md
- API endpoints: POST /:agentId/memory/consolidate, POST /:agentId/memory/daily-report

Test results: 16/16 passed (Phase 3 test suite)

- Hippocampus keyword matching engine (extractKeywords + score)
- Cerebellum plan storage (saveCerebellumPlan)
- Auto-sync hippocampus-index.json + hippocampus.md
- POST /:agentId/memory/cerebellum API endpoint
- buildSystemPrompt injects matched plans from hippocampus
- Use count & lastUsed tracking on plan access
- Chinese n-gram + English word tokenizer with stop words
- Fix: score formula uses entry keyword count as denominator
- Fix: useCount updates original index entry not spread copy
- Verified: OKR plan matched + injected into CEO prompt

- Agent as Micro-Container: each agent lives in data/agents/{id}/ with full encapsulation
- Persona vs Capability split: agent.md (identity) + .claude/skills/main_skill/SKILL.md (workflow)
- Conversations co-located: data/agents/{id}/conversations/ replaces global dir
- Meta Skills renamed: meta_hunt, meta_digest, meta_creator, meta_evolving, meta_benchmark, meta_research
- Dynamic Hot-Reload: AgentManager.getAgentConfig() falls back to filesystem scan
- Parallel Sub-Agent orchestration via Promise.all with multi-terminal UI
- Removed SQLite dependency, global skills/ directory, and legacy conversations/
- Full architecture docs: 18-local-filesystem-first-agent-encapsulation.md