设计见 docs/done/system-design/28-agent-registry-unification.md。

改造前 Agent 本体散在三处（system/agents/ 11 个、system/templates/ 50 个、
data/companies/{id}/agents/ 17 个），同一个 AgentScaffold 被三个 baseDir 实例化。
后果是同一角色在 N 家公司下有 N 份互不相干的副本，模板更新不会同步；
org-coder / org-planner 这类走 hireFromBaseMetaAgent 造出来的本体
legacy_path 指回自己公司目录，永远无法被第二家公司复用。

本次：
- G1 单一注册表：system/templates/ 整体并入 system/agents/，base → _base。
  7 个同名 id 逐个裁决，被丢弃的一份归档到 docs/_archive/ 而非删除。
  source_kind(template/global_agent/company_hired) → origin(builtin/created)。
- G2 运行态下沉：CLI 的 cwd 从本体根改为 system/agents/{aid}/{cid}/{taskId}/。
  memory / conversations 落公司态 {aid}/{cid}/，按公司隔离不串。
  sessionPool 的 key 含 (companyId, taskId)，两家公司调同一 agent 不复用会话。
- G2b 产物不下沉：交付物仍落 data/companies/{cid}/，system/agents/ 只留运行痕迹。
  写入边界按链路分叉——graph 节点走节点私有目录（被 indexNodeOutputs 索引），
  chat 走公司 workspace，同一提示词里不再出现两条互斥指令。
- G3 公司只存引用：data/companies/{id}/agents/ 删除，新增 company_agents 关联表。
  不复用 org_graph_nodes——后者是执行流图，work 层本体被雇时不写它，天生覆盖不全。
- G4 缺则创建：本体缺失时从 _base 复制骨架进 system/agents/{id}/，
  agent-creator 填 agent.md/soul.md 后才从 draft 转 active（哨兵判据，
  骨架未填时哨兵仍在，不许被 hire）。产物即刻是全系统可复用的本体。

新增 server/services/agent-locator.js 收编原先散在 6 处的寻址逻辑。

边界守卫（graph-engine）的豁免从「本体根上五个文件名」放宽为整棵 system/agents/：
新本体的骨架本来就要进 git，gitignore 挡不住 ?? system/agents/{newId}/，
旧判据会把一个真正成功的招聘节点判成 boundary_escape fail。

存量迁移见 scripts/migrate-agent-registry.js（幂等，备份到 data/_migration-backup-*）。

真 Claude CLI E2E 已验证：新建公司 → orggraph-planning 自动规划 →
自动招聘 org-planner/org-coder/org-validator 三节点流水线；
data/companies/{cid}/agents/ 不存在，company_agents 4 行，
system_agents 56→56（零新建私有本体，纯复用），git status 零增量。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>