宜博 / lemonboss

用 9 个并行 agent 按「文件独占」划分实现 P2 的 T1-T9（T0 已于 2255f09 完成）。
详见 docs/todo/system-design/27-p2-org-graph.md §五。

阶段 A · 数据层
- graph-db.js: org_graph_nodes 加 status/reports_to_node_id（PRAGMA 探测后 ALTER，
  幂等）；全量唯一索引换成 WHERE status='active' 的部分索引，使「fire 后重新 hire
  同角色」可行；org_graph_edges 重建为执行流边（condition/edge_kind/status）
- graph-service.js: ensureOrgGraphNodeIndex 同步改建部分索引，且 upsertOrgGraphNode
  的 ON CONFLICT 必须写成 ON CONFLICT(company_id, role_name) WHERE status='active'
  —— SQLite 的冲突目标要与部分索引谓词逐字对应，否则整条 INSERT 直接失效
- org-graph-service.js（新）: validateGraph 四项校验 + writeGraph/patchGraph/
  getGraph/removeNode，事务化，节点软删除级联失效相关边
- routes/company.js: 四个端点 POST/PATCH/GET /org-graph + POST /org-graph/replan；
  /create 接入自动招聘 orggraph-planning + 异步触发（失败降级为空壳公司）；
  /fire 接入节点软删除

阶段 B · 自动生成
- system/org-graph-templates/{dev,content,ops}.json + README：三张三段式骨架
  （规划→执行→验收，验收失败回退到执行节点），角色名遵循 {domain}-{职能}
- system/templates/orggraph-planning/：新 system agent（type='meta-bootstrap'），
  含 §4.1 八步工作流
- company-service.js: 模板不存在时从 system/templates/base/ 元 agent 继承骨架
  （自动带 RESEARCH→PLAN→EXECUTE→VERIFY 四段式）+ agent-creator 填充，
  新建 agent scope='company'。这是 27-E2E §八bis 元 agent 继承的落地点

阶段 C · 展示
- CompanyDashboard.vue: 组织流程拓扑链渲染 + 空态降级 + 环深度保护

并行编排中发现并修复的三处（均不在原任务划分内）：
- AppNav.vue 建公司表单缺 goal 输入框 —— T0 只改了后端，前端表单没同步，
  company-goal 实际传不进来。这是上一轮 T0 的遗漏
- graph-seed-service.js 会把 type='meta-bootstrap' 的 orggraph-planning 塞回
  org graph，与 hire() 的 guard 不一致
- graph-agent-p1-acceptance.test.js: hire 未知角色的返回从 needs_training 改为
  hired_from_base（T5b 的行为变更），断言同步

验证（独立复核，非 agent 自述）：
- npm run test:unit 676 passed / 63 files（基线 652，+24 为新增的 org-graph 用例）
- npm run web:build 通过
- 三个模板 JSON 实跑 validateGraph 全部通过；四类非法图各自被对应 rule 拒绝；
  writeGraph→getGraph→removeNode 级联验证通过（删中间节点后 3 条边全部失效）

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

起因：逐条比对 27-REQ 的原话与 P2 v0.4，发现四处偏离，其中两处是设计悄悄
改变了原意。本次修正并落定。

代码（P2 §五 T0）：
- company.json 新增 goal 字段（company-goal），create({id,name,goal,description})
- POST /api/company/create 与 update() 同步支持
- 修的是一个实打实的遗漏：R-6 原话是"写入 company 的目标和描述"（两个字段），
  而 create() 一直只有 description。orggraph-planning 规划流水线的主依据本该是
  company-goal，此前根本拿不到。

文档定案（R-13）：
- R-13.1 goal 三层递归：company-goal / task-goal / subagent-goal，与"验收逐层
  递归"对应。澄清 R-12 说的"唯一的那个 goal"其实是 task-goal；三个验收 agent
  保持通用不按层级拆分。记录一处待定：subagent-goal 按执行者命名，与另两个的
  作用域命名轴不一致（按轴应为 subtask-goal）。
- R-13.2 公司类型完全由 orggraph-planning 推断 —— 这条**推翻了我自己记的一个
  缺陷**：审计时我把"不加 type 枚举字段"记为擅自偏离原话，实际那正是所需，
  当前设计无需改动。
- R-13.3 新 agent 从 system/templates/base 元 agent 继承骨架（自动带四段式
  RESEARCH→PLAN→EXECUTE→VERIFY）+ agent-creator 填充，而非直接走 needs_training
  全量培养；新建一律 scope='company'；innovator 训练是可选后置步骤。
  这是 R-9.2"所有 node agent 由元 agent 继承生成"在 P2 的落地点（新增 T5b）。
- R-13.4 org graph 强制单入口，原 open question 关闭。

顺带修掉 P2 的一处内部不一致：§六 承诺"提供手动触发 orggraph-planning 的端点"
给存量公司补图，但 §四.3 API 表和 §五 任务表都没有。已补 POST …/org-graph/replan。

另更正 R-11 中"代码层未执行"的过期表述——OKR 正名已于 74ea1ff 实施完毕。

回归：npm run test:unit 652 例全绿。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

四处写 _registry.json 的地方都用 JSON.stringify(registry, null, 2) 直接落盘，
不带末尾换行。文件在仓库里是带换行的，导致任何一次 hire()/depositTemplate()/
模板增删改之后，git diff 都会多出一行 "\ No newline at end of file" 的噪音，
把真实的数据变更淹掉。

写入点：
- company-service.js:374  depositTemplate()
- company-service.js:824  _updateTemplateUsedCount()
- routes/company.js:86    PATCH /templates/:templateId
- routes/company.js:120   DELETE /templates/:templateId

同时提交一次真实的运行时数据变更：qa-judge usedCount 7 → 8。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

hire() now checks system_agents (source_kind='template') before provisioning a new
company agent: if the role has a shared template row, skip copying agent.md and
instead let AgentManager.getAgentConfig()/PromptBuilder.build() resolve the prompt
from the shared legacy_path at call time, with per-company context assembled from a
new company-context.md. Roles without a template row (including the 6 ids that exist
in both system/agents/ and system/templates/, e.g. evolver-youtube-crawler) fall back
to the existing full-copy behavior unchanged.

- server/services/graph-service.js (new): lookupSharedAgentMd(), upsertOrgGraphNode()
- server/services/company-service.js: hire() reference-mode branch, _provisionReferenceAgent()
- server/src/core/agent-manager.js: getAgentConfig() resolves prompt/companyContextPath
- server/src/core/prompt-builder.js: build() concatenates company-context.md
- unit + integration tests covering all 6 acceptance criteria from
  docs/todo/system-design/27-p1-virtual-reference.md §6, including a regression test
  against the real idearun:evolver-youtube-crawler naming-collision case

Full regression suite (587 tests) passes; independent adversarial review found 0
blocking/major issues.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

Fixed 4 hidden bugs where path.join(DATA_ROOT, "system", ...) was used instead
of direct path.resolve to root-level system/:

- agent-chat.js: billing log scan (line 804) and agent list scan (line 909)
- company-service.js: TEMPLATES_DIR and GLOBAL_AGENTS_DIR constants
- heartbeat-service.js: system agents scan directory

These were missed because they used path.join with a variable (DATA_ROOT)
rather than the literal string "data/system" that sed caught.

…ictly enforce empty shell company creation

- System agents: 只保留 master (data/system/agents/master)
- Templates: 所有可复用 agent 模板 (data/system/templates/)
- Companies: 公司创建时自动部署 5 个元 Agent (innovator/hunter/digester/evolver/agent-creator)

路径修复:
- agent-chat.js: /list 扫描路径修正 (system/agents + companies/*/agents)
- agent-manager.js: 动态 agent 查找路径修正
- skill-config-loader.js: 修正 agents root
- pipeline-service.js: pipelines 输出到 companies/{id}/pipelines/
- billing.log: 移至 companies/{id}/logs/ 下

Skills 标准化:
- 所有 template agent 建立 .claude/skills/main_skill/SKILL.md
- company-service._copyTemplate() 新增 .claude/ 目录复制
- innovator SKILL.md v3.0: 移除旧 l3-hunt/l2-digest 命名
- 清理重复 agent_creator, 统一为 agent-creator

清理:
- 移除 data/agents, data/workspace, data/logs, data/goals 旧目录
- 清除所有未使用的 DATA_DIR 声明
- 清除 template 中的 conversations/logs/memory 运行态数据

- Add Company Overview tab as default landing page
- Show company info: status, uptime, agent count, heartbeat status
- Start/Stop company buttons (activate/deactivate all agent heartbeats)
- Per-agent heartbeat controls: interval dropdown, start/stop buttons
- Backend APIs: GET status, POST start/shutdown, PUT/POST agent heartbeat
- Track startedAt timestamp for uptime calculation
- Update CEO agent.md with mandatory 5-step startup workflow
- Fix company nav to default to overview tab

- scaffoldNewAgent: create agent skeleton via AgentScaffold directly
- depositTemplate: benchmark gating (≥95) + auto-deposit to templates/
- hireWithTraining: full flow (template lookup → scaffold fallback)
- Company route: /hire uses hireWithTraining, new /deposit-template endpoint
- E2E test: 69/69 passed (Phase 1 + Phase 2)

- CompanyService: CRUD (create/get/list/update/shutdown)
- Agent Hiring Pipeline: template lookup → copy → context injection
- Template registry (_registry.json) with CEO and qa-judge initial templates
- resolveAgentDir(companyId, agentId) unified agent directory resolution
- Company REST API routes (/api/company/*)
- E2E test: 46/46 passed