宜博 / lemonboss

28-followups §3.3。`PUT /api/agent/:agentId/heartbeat`（前端 Agent 详情页走的就是它）
用 `getBodyDir(id)` = `bodyDir(parseAddress(id).agentId)` 把公司段丢掉，
然后**整份重写本体 config.json**。

两个后果，都不报错：
① 跨租户串写：co-a:ceo 改心跳，co-b:ceo 跟着变（同一份本体）；
② 一旦该 (agent, 公司) 有了公司态文件，读侧优先取公司态 →
   **这个端点的写入对它变成静默无效**。界面收到 {success:true}，
   实际在跑的还是旧值；GET /info 同理报的是本体缺省，不是在跑的那份。
   症状是「界面写 30 分钟、调度器按 15 分钟在跑」，两边都不报错。

company.js 那三个端点在 28 号已经修好了，这个入口漏了 —— 同一个 bug 的第二扇门。

## 改

读写都走 heartbeat-service 的 readHeartbeatConfig / writeHeartbeatConfig，
与心跳挂载读的是同一个答案。入参校验归服务（intervalMinutes 直接进 setInterval，
NaN / 0 / 负数会让定时器退化成每 tick 触发一次，而每次 tick 真起一轮 LLM），
非法值在写盘前抛，端点翻成 400。

顺带：404 闸门也改走服务的寻址。`cid:role` 里冒号后面是**角色名**，未必等于本体 id
（company_agents 的映射）—— 拿角色名当本体 id 判存在性，凡是角色名 ≠ 本体 id 的
都会被判成「agent 不存在」，而写侧其实找得到。**判 404 和写入必须问同一个问题。**

## 守卫

heartbeat-company-scoped.test.js 补 3 例（放进同一个 describe 而不是另起一个：
夹具共用，另起的话上面那个 afterAll 会先把 server 关掉，实测 ECONNREFUSED）：
· 写公司态、本体字节不动，且**写完立刻能从读侧读回来** —— 这条才是「静默无效」的精确形态；
· GET /info 报的是在跑的那份，不是本体缺省；
· 非法 intervalMinutes → 400 且旧值还在。
反向验过：把端点退回旧写法，这 3 条立刻红。

## 记一条没修的

GET /info 的 404 闸门仍是 `getBodyDir(id)`，对 `cid:role` 会直接 404 ——
那是 /info 整体寻址的既有缺口（它还要按同一个目录读 identity / agent.md / cron），
不在心跳这一条的范围内。测试里用裸 agent id 绕开，并在注释里写明别当成修过了。

全量：138 文件 / 1292 测试全绿。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

设计见 docs/done/system-design/28-agent-registry-unification.md。

改造前 Agent 本体散在三处（system/agents/ 11 个、system/templates/ 50 个、
data/companies/{id}/agents/ 17 个），同一个 AgentScaffold 被三个 baseDir 实例化。
后果是同一角色在 N 家公司下有 N 份互不相干的副本，模板更新不会同步；
org-coder / org-planner 这类走 hireFromBaseMetaAgent 造出来的本体
legacy_path 指回自己公司目录，永远无法被第二家公司复用。

本次：
- G1 单一注册表：system/templates/ 整体并入 system/agents/，base → _base。
  7 个同名 id 逐个裁决，被丢弃的一份归档到 docs/_archive/ 而非删除。
  source_kind(template/global_agent/company_hired) → origin(builtin/created)。
- G2 运行态下沉：CLI 的 cwd 从本体根改为 system/agents/{aid}/{cid}/{taskId}/。
  memory / conversations 落公司态 {aid}/{cid}/，按公司隔离不串。
  sessionPool 的 key 含 (companyId, taskId)，两家公司调同一 agent 不复用会话。
- G2b 产物不下沉：交付物仍落 data/companies/{cid}/，system/agents/ 只留运行痕迹。
  写入边界按链路分叉——graph 节点走节点私有目录（被 indexNodeOutputs 索引），
  chat 走公司 workspace，同一提示词里不再出现两条互斥指令。
- G3 公司只存引用：data/companies/{id}/agents/ 删除，新增 company_agents 关联表。
  不复用 org_graph_nodes——后者是执行流图，work 层本体被雇时不写它，天生覆盖不全。
- G4 缺则创建：本体缺失时从 _base 复制骨架进 system/agents/{id}/，
  agent-creator 填 agent.md/soul.md 后才从 draft 转 active（哨兵判据，
  骨架未填时哨兵仍在，不许被 hire）。产物即刻是全系统可复用的本体。

新增 server/services/agent-locator.js 收编原先散在 6 处的寻址逻辑。

边界守卫（graph-engine）的豁免从「本体根上五个文件名」放宽为整棵 system/agents/：
新本体的骨架本来就要进 git，gitignore 挡不住 ?? system/agents/{newId}/，
旧判据会把一个真正成功的招聘节点判成 boundary_escape fail。

存量迁移见 scripts/migrate-agent-registry.js（幂等，备份到 data/_migration-backup-*）。

真 Claude CLI E2E 已验证：新建公司 → orggraph-planning 自动规划 →
自动招聘 org-planner/org-coder/org-validator 三节点流水线；
data/companies/{cid}/agents/ 不存在，company_agents 4 行，
system_agents 56→56（零新建私有本体，纯复用），git status 零增量。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

Layer 1 (P0): Per-agent session mutex
- heartbeat-service.js: skip heartbeat if previous session still active (30min safety valve)
- agent-chat.js: reject concurrent /chat requests for same agentId with different convId (429)
  Multi-turn conversations on same convId still work normally

Layer 2 (P1): Advisory file lock utility
- server/utils/file-lock.js: O_EXCL-based .lock file mechanism
  Auto-cleanup stale locks, graceful degradation on timeout

Root cause: HeartbeatService creates new convId per heartbeat, spawning
independent Claude CLI processes that concurrently write config.json and
SKILL.md, causing rollbacks and FRAUDULENT scores.

Fixed 4 hidden bugs where path.join(DATA_ROOT, "system", ...) was used instead
of direct path.resolve to root-level system/:

- agent-chat.js: billing log scan (line 804) and agent list scan (line 909)
- company-service.js: TEMPLATES_DIR and GLOBAL_AGENTS_DIR constants
- heartbeat-service.js: system agents scan directory

These were missed because they used path.join with a variable (DATA_ROOT)
rather than the literal string "data/system" that sed caught.

- Moved data/system/ → system/ (agents, templates, skills, data, workspace)
- Updated all server route/service path references
- Updated all script path references
- Updated all documentation references
- Restructured .gitignore for cleaner system/ vs data/ boundary

system/ = platform-shared assets (system agents, template library)
data/ = tenant-specific company instance data

- System agents: 只保留 master (data/system/agents/master)
- Templates: 所有可复用 agent 模板 (data/system/templates/)
- Companies: 公司创建时自动部署 5 个元 Agent (innovator/hunter/digester/evolver/agent-creator)

路径修复:
- agent-chat.js: /list 扫描路径修正 (system/agents + companies/*/agents)
- agent-manager.js: 动态 agent 查找路径修正
- skill-config-loader.js: 修正 agents root
- pipeline-service.js: pipelines 输出到 companies/{id}/pipelines/
- billing.log: 移至 companies/{id}/logs/ 下

Skills 标准化:
- 所有 template agent 建立 .claude/skills/main_skill/SKILL.md
- company-service._copyTemplate() 新增 .claude/ 目录复制
- innovator SKILL.md v3.0: 移除旧 l3-hunt/l2-digest 命名
- 清理重复 agent_creator, 统一为 agent-creator

清理:
- 移除 data/agents, data/workspace, data/logs, data/goals 旧目录
- 清除所有未使用的 DATA_DIR 声明
- 清除 template 中的 conversations/logs/memory 运行态数据

…ter Agent cognitive auto-recovery loop

- Refactored CompanyDashboard into read-only Observer UI
- Enforced strict companyId:roleId namespacing across Node APIs and AgentManager
- Added dynamic <env_status> injection to PromptBuilder for robust context
- Introduced bin/lemon.js CLI for structured LLM tool execution
- Implemented in-stream error interceptors for implicit silent retry loop

- Extracted HeartbeatService to periodically wake up agents flagged with 'heartbeat.enabled'
- Sends a silent [SYSTEM HEARTBEAT] message to trigger self-checks (e.g. OKR state validation)
- Automatically integrated service dispatch hook in server startup sequence
- Configured qa-judge to run autonomous heartbeat every 10 min