宜博 / lemonboss

company-service.js：company.json 加 ownerId（无 SQL 表，纯 JSON 字段）；create() 接收
ownerId；list({ user }) 按传入用户过滤，不传就不过滤（company-heartbeat-service.js 等
系统内部巡检要看全部公司）；新增 canAccessCompany(company, user) 作为全仓库唯一一份
归属判据（admin 不过滤，判负一律 404 不是 403，不暴露"这个 id 存在只是不是你的"）。

company.js 用 router.param('companyId', ...) 统一收口（约 50 条路由，含 okrPath() 系列
动态路由）。graph-run.js 的两个挂载点参数形状不一样，设计阶段的描述不准确，实现时才
发现：companyRouter 唯一路由是 /:companyId/graph-runs 直接查；主 router 全部路由是
/:id/...，:id 指的是 run 不是公司，改成先查 run 的 company_id 再判断，run 不存在或
公司不是你的统一回"run 不存在"。devloop.js 用 :pid 反查 company_id；POST /projects
单独校验 body 里的 company_id（放在基本字段校验之后，避免归属检查打乱输入校验的错误
优先级）；GET /projects 按归属过滤列表。

okr.js 最终没有按原计划接入 companyId 归属校验——实现前查证发现 OkrDashboard.vue
挂载的 /okr 页面全站没有任何导航入口指向它，是个孤儿页面，给访问不到的页面建"选公司"
前端交互不划算，改成 requireAdmin（跟 dream.js 同款），先堵住直接拼 URL 看到跨公司
聚合数据的口子。真正在用的公司级 OKR（company.js 的 /:id/okr）已随 company.js 一起隔离。

存量数据迁移：scripts/backfill-company-owner.js（npm run backfill:company-owner），
两家存量公司已划给种子账号，幂等验证过。

8 个既有测试文件用的公司 id 都是从没真正建过的字符串标签，挂锁后集体 404——新增共享
helper server/tests/helpers/ensure-test-company.js 修复；两处原有的"跳过已有
company.json 的目录，那是真公司"防御逻辑，判据从"有没有 company.json"改成"ownerId
是不是 -1 这个测试专用标记"，否则新出现的测试夹具会被误判成真公司永远不清理。

验证：真实 curl 走过（admin 看到全部存量公司、新用户看到空列表、新用户拼 URL 访问
别人的公司 404、新建公司 ownerId 精确落在创建者、admin 和创建者都看得到其他人看不到）；
全量 vitest 1427 passed，3 个无关既有失败不受影响。

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

system/templates/ 已在 28 号文档的合并里并入 system/agents/，「模板」作为独立
数据概念已经消失；确认后手工 CRUD 页面（创建/改名/删除骨架、触发生成与训练、
传 skill 文件、provision）也已经没人用，一并下线：

- 前端：删 AppNav「Templates」菜单项、/templates 路由、TemplateAgents.vue
- 后端：company.js 删掉只服务于该页面的写接口（PATCH/DELETE/POST /templates、
  generate/train/skills-upload/provision/files 系列），保留 GET /templates
  （CompanyDashboard 招聘弹窗和 CLI `company templates` 命令仍依赖它列出可招角色）
- CLI：bin/lemon.js 删 `template create`/`template train`（调用的是被删接口）
- 修正两处过时注释（company-service.js / graph-service.js）：不再声称
  buildAgentDefinitionBrief 有两个调用方，/hire 是唯一派单点
- work-layer-body-paths.test.js 同步更新断言（2 处调用方 → 1 处）

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

## 一、W7「零边图」不是待办 —— 它早修了，是注释在骗人

`company-service.js` 的判据注释仍写着「判据用**有没有边**」，并留着一段
「已知残留：单 org node 的最小图没有边，判据③不生效……真跑到那一步再看」。

**那个残留在 `58a2865`（08-17）就修掉了**：`orgGraphMembership` 现在的主判据是
`authored_by='planner'` 的节点存在（「orggraph-planning 提交过一张图」的直接证据，
零边也认），边数降为存量行的回落判据；守卫 `company-hire-org-layer.test.js` 的
`CO_ZEROEDGE` + `W7-fix` 两条盯着。

注释没跟着改，于是它把读的人**引向一个已经修好的缺陷**去重修一遍 —— 我就是这么被
带偏的：读到那段注释就没再往 `orgGraphMembership` 里跟，还据此往待办清单里写了一条。
这是「指路牌失效」那一族，和 CLAUDE.md 死链同型，只是方向相反（那边指向不存在的东西，
这边描述已不存在的洞）。

判据的措辞也改了：**「成型」的判据在 graph-service.orgGraphMembership()，不在这里**，
免得下一个人照注释理解。P3B 文档与 docs/README.md 的对应条目一并更正。

## 二、还上「真实路径 smoke 进 CI」那笔欠账的一半（27-P3/P4 §十 硬规矩 2）

原话是「凡是靠注入点验的能力，都要有一条真实路径的 smoke 进 CI 才算验收完成 ——
这条欠账仍未还」。此前唯一走真实路径的 `scripts/real-pm-smoke.js` 要真 API 额度、
人工跑、而且验的是 DevLoop 不是图执行。

做法是把「真 LLM」和「真代码路径」拆开：**只把最外层的 CLI 子进程换成 fixture 回放**，
setAgentExecutor / setPlanWorkGraph 一个都不调。链路完整走
advanceOne → defaultAgentExecutor → AgentManager → ClaudeCliProtocol
→ onAcpEvent → 落盘 → readNodeProduct → settleNode → spendBudget → 边界守卫。

三条断言各盯一处**假 executor 天然绕开**的接线：
· ① mock/files 真的落到节点产物目录（假 executor 直接 return，这一环整个不存在）
· ② token 用量真的从 session/result.usage 数进预算 —— **就是 §六 验收 10 卡了两轮的那一维**
· ③ boundaryGuardApplicable 在这条路径上为真（注入假 executor 时它恒为假，
     那条唯一有实际后果的分支实际零覆盖）；带反向对照，注入后必须变假

反向验过：断掉①的落盘、断掉②的累加，对应用例分别变红。

为此改了一处 mock：session/result 的 usage 原来硬编码 {input:0,output:0}，
现在 fixture 可指定（缺省仍是 0，既有 fixture 行为一个字不变）。
**不改这一处，token 那一维在 CI 里永远产不出数** —— 验收 10 当初就是卡在这儿。

**没还清的部分写在文档里，别当成还清了**：真 LLM 仍进不了 CI；
subgraph 那一支（defaultPlanWorkGraph）仍只有注入式覆盖；
多节点 / 回退边 / 熔断没进这条 smoke，它只推一个节点。

afterAll 清掉真实链路建出的公司态目录（gitignore 挡着不进库，但留着会让别的
用例遍历 system/agents/ 时多扫一份）。

全量：139 文件 / 1295 测试全绿。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

设计见 docs/done/system-design/28-agent-registry-unification.md。

改造前 Agent 本体散在三处（system/agents/ 11 个、system/templates/ 50 个、
data/companies/{id}/agents/ 17 个），同一个 AgentScaffold 被三个 baseDir 实例化。
后果是同一角色在 N 家公司下有 N 份互不相干的副本，模板更新不会同步；
org-coder / org-planner 这类走 hireFromBaseMetaAgent 造出来的本体
legacy_path 指回自己公司目录，永远无法被第二家公司复用。

本次：
- G1 单一注册表：system/templates/ 整体并入 system/agents/，base → _base。
  7 个同名 id 逐个裁决，被丢弃的一份归档到 docs/_archive/ 而非删除。
  source_kind(template/global_agent/company_hired) → origin(builtin/created)。
- G2 运行态下沉：CLI 的 cwd 从本体根改为 system/agents/{aid}/{cid}/{taskId}/。
  memory / conversations 落公司态 {aid}/{cid}/，按公司隔离不串。
  sessionPool 的 key 含 (companyId, taskId)，两家公司调同一 agent 不复用会话。
- G2b 产物不下沉：交付物仍落 data/companies/{cid}/，system/agents/ 只留运行痕迹。
  写入边界按链路分叉——graph 节点走节点私有目录（被 indexNodeOutputs 索引），
  chat 走公司 workspace，同一提示词里不再出现两条互斥指令。
- G3 公司只存引用：data/companies/{id}/agents/ 删除，新增 company_agents 关联表。
  不复用 org_graph_nodes——后者是执行流图，work 层本体被雇时不写它，天生覆盖不全。
- G4 缺则创建：本体缺失时从 _base 复制骨架进 system/agents/{id}/，
  agent-creator 填 agent.md/soul.md 后才从 draft 转 active（哨兵判据，
  骨架未填时哨兵仍在，不许被 hire）。产物即刻是全系统可复用的本体。

新增 server/services/agent-locator.js 收编原先散在 6 处的寻址逻辑。

边界守卫（graph-engine）的豁免从「本体根上五个文件名」放宽为整棵 system/agents/：
新本体的骨架本来就要进 git，gitignore 挡不住 ?? system/agents/{newId}/，
旧判据会把一个真正成功的招聘节点判成 boundary_escape fail。

存量迁移见 scripts/migrate-agent-registry.js（幂等，备份到 data/_migration-backup-*）。

真 Claude CLI E2E 已验证：新建公司 → orggraph-planning 自动规划 →
自动招聘 org-planner/org-coder/org-validator 三节点流水线；
data/companies/{cid}/agents/ 不存在，company_agents 4 行，
system_agents 56→56（零新建私有本体，纯复用），git status 零增量。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

测试 786/786 全绿（76 文件，起点 760/72），未改任何既有断言。

## 本轮三件新东西，全部经真 CLI 验证

W12 补完 · 失败原因四环打通
- 引擎自判的失败（executor 抛异常、边界越界、子 run 无归因）现在也落
  graph_run_nodes.fail_reason，不再只有 agent 归因产出的才有值
- 概览 tab 展示「[引擎判定] boundary_escape」+ 终端样式 excerpt，
  取不到 fail_reason 时回落 output_excerpt，并标明来源
- 真跑实查：两行 fail_reason='boundary_escape' 都在库里，
  产生→传递→落库→读回四环在真 CLI 下走通

W13 · 运行态文件根治（守卫误判的根因）
- 17 个 todo.md / plan.md / scheduled_tasks.json git rm --cached + gitignore；
  源码（agent.md/config.json/soul.md/tools.md）一个未碰，模板本体仍跟踪
- _registry.json 的 usedCount 挪进已忽略的 data/template-usage.json
- 真跑验收：整轮（agent-creator、Master 各一次真 CLI、3 次 hire）结束时
  worktree git status 与基线逐字相同，_registry.json 零 diff

单步进度感 · 真 CLI 一个节点 3-7 分钟
- 画布卡片秒表 + 详情面板常驻条「运行中 2m40s · 最近事件 …（2m40s 前）」
- 不做假进度条：引擎不知道 agent 还要多久
- 顺手修 NodeDetailPanel 不跟 SSE 走（否则秒表也不会动）

W9 失败上下文进提示词、W10 跨层地址两半、W11 Hot Swap 显式告警同批完成。

## 真跑结论：链路更长，但「work 节点 → success」仍未跑到

走到：orggraph-planning 落图自雇 → agent-creator 补定义 → workgraph-planning
真跑规划 + **先雇后提交**（W5/W6 再次成立）→ 子 run 起来 → work 节点 RUNNING
→ 7m19s 后 fail。两层原因叠加，都与 W1-W14 无关：

1. **新缺陷**：agent-manager.js:324 把 idleTimeoutMs 硬编码 120s，
   readme-writer 通读源码静默超 2 分钟被掐死（动笔前就死了）。
   同进程 ClaudeCliProtocol 早把自己的 idle 上限放到 24h，
   stream-executor 的 JSDoc 默认值写的是 30 分钟 —— 这里把两者都压掉一个数量级；
   且 ...options 透传的 idleTimeoutMs 会被下一行覆盖，调用方无法覆写。
2. **并行 agent 污染**：retrain-watchdog 每 5 分钟唤起的 Master 在同一工作树里
   改了两个源文件，被守卫 git status 差集算到该节点头上 → 额外署 boundary_escape。
   这是 W3「拦不住」第 5 条第一次真实发生。

顺带记一笔：这一轮任务是 **LemonBoss 自己的 Master 自主下的单**，
走的正是 POST /api/company/:id/tasks，它还自行诊断出了上面那个 idle timeout
并动手改（引用了未定义的常量，是坏的）。

## 已知未修（下一轮）

- idleTimeoutMs 硬编码 120s —— 「work 节点 → success」跑不通的唯一技术原因
- W7 在**零边最小图**上失效：判据③要求存在 active org_graph_edges，
  零边图上三条判据全落空，work 层本体被写进 org_graph_nodes。
  服务层那 9 例测试造的都是有边的成型图，正好绕开这个形状
- 前端 ACTIVE_RUN 含 blocked、后端 ACTIVE_ROOT_RUN_STATUS 不含：
  一家公司只要失败过一次，控制台上就再也下不了第二个任务（后端其实放行）
- 真跑期间工作树里不能有第二个 agent 活动，否则守卫判罚不可信 —— 应写进真跑规程

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

真 CLI 冒烟（worktree 隔离，PORT 3010）九轮来首次把 work 节点跑起来：
orggraph-planning 真跑 3 分钟自主裁成单 org node 零边图 → workgraph-planning
第 1 轮产出合法图 → **自己按 Step 6 把 brd-planning / planner-validator 雇进公司**
（W5/W6 核心验收成立，且 W7 判据生效、两者都没写进 org_graph_nodes）→
第一个 work 节点 brd-planning 真起 CLI 子进程，产出 brd.md / contract.json /
attempt-0.json 全部落在 run 目录内。图内预算仅 2 次调用 / 13998 tokens（上限 15）。

W5/W6 · workgraph-planning 自雇：撤掉「你不招人也不辞人」，Step 6 加招聘环节，
  写死「先雇、再提交图」的顺序，给出失败分级与幂等要求
W7 · work 层招聘不写 org_graph_nodes：按 type 与 work graph 骨架点名两条判据区分层级，
  P2 「hire org 角色 → org graph 出现该节点」的语义保持不变
W8 · 控制台「规划组织结构」按钮（抽成 ReplanOrgGraphButton.vue，带过渡态与秒表），
  接 POST /:companyId/org-graph/replan（该端点此前无任何前端调用方）；
  新增 fixtures/devloop-mock/orggraph-planning.json
W12 · 节点失败留痕：node.output 带 output_excerpt、新增 node.error 事件。
  真跑当场救场——守卫误判那条归因正是靠它才查得出来，
  换成之前看到的只有「节点 fail、无原因、无痕迹」

测试 753/753 全绿（71 文件，起点 736/68）。

已知未修（下一轮）：子 run 转终态不回写父 node_run 导致任务永久卡死；
applyBoundaryGuard 用整仓 git diff 判归属会把并行 agent 的写算到当前节点头上；
W12 的 fail_reason 未落库（概览 tab 仍为空）；POST /:cid/tasks 无前端调用方。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

■ 前端路由遮蔽（既有 bug，被 P2 的 T8 暴露）
web/src/router/index.js: CompanyAgentChat 的 path 是 /:id/agents/:agentId? ——
agentId 可选，导致它抢占 /:id/agents，而导航栏「Team」正是指向这个地址。
结果 CompanyDashboard 的团队 tab（连同 P2 新增的 Org Graph 区块）完全不可达，
点 Team 打开的一直是 AgentChat。改为 :agentId 必填。

■ Org Graph 空边时凭空画出流程链（P2 T8 的 bug）
0 条 forward 边时所有节点入度都是 0，全部落进拓扑序且 degraded=false，
模板照常在节点间渲染 → 箭头，凭空捏造出一条并不存在的流转顺序。
P0 迁移进来的存量公司（有节点无边）全部中招。新增 orgGraphNoEdges 判定：
这种情况只平铺、不画箭头，并明确提示「尚未定义流转顺序」。

■ create() 仍在建 goals/ 目录（我在 OKR 正名 74ea1ff 里的遗漏）
company-service.js 的 subdirs 列表没跟着 goals→okr 一起改，新建公司仍然产出
goals/ 空目录。改为 okr/。

■ test-company-e2e.js 从「第 4 个断言就崩」修到 114/114 全绿
该脚本长期整体失效，HEAD 版本同样全断言失败。四类问题：
1. 路径过期：data/{id}/ → data/companies/{id}/；data/templates/ →
   system/templates/；data/agents/master → system/agents/master
2. Phase 4 用 ceo 模板测「骨架是否完整复制」——但 system/templates/ceo/ 只有
   plan.md + todo.md，没有 agent.md/soul.md/config.json，测不出东西，且缺
   config.json 就没有 type='cxo'，company.ceo 也标不上。改用同为 cxo 且文件
   完整的 coo。（ceo 模板本身的残缺是另一个待补的问题）
3. 断言停留在 P1 之前：P1 虚拟引用（226489d）之后 agent.md 不再物理拷贝，
   改为 config.json.systemAgentRef + company-context.md。按新模型改写
4. 断言停留在 T5b 之前：模板不存在时返回 hired_from_base 而非 training

顺带记录一个设计缺口（未改，仅在测试注释里说明）：system/templates/base/
目前只有 agent.md + config.json，所以 base 继承出的骨架不含 soul.md /
identity.md / tools.md / todo.md，也不含 AgentScaffold 的标准子目录结构
（memory/short-term、knowledge、workspace 等）。这些依赖 agent-creator 填充。

另删除 OKR 迁移的 *.bak-goals 备份目录及其 .gitignore 规则。

验证：npm run test:unit 676 全绿；test-company-e2e 114/114；web:build 通过；
Chrome 实机确认 Team tab 可达、空边提示正确。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

用 9 个并行 agent 按「文件独占」划分实现 P2 的 T1-T9（T0 已于 2255f09 完成）。
详见 docs/todo/system-design/27-p2-org-graph.md §五。

阶段 A · 数据层
- graph-db.js: org_graph_nodes 加 status/reports_to_node_id（PRAGMA 探测后 ALTER，
  幂等）；全量唯一索引换成 WHERE status='active' 的部分索引，使「fire 后重新 hire
  同角色」可行；org_graph_edges 重建为执行流边（condition/edge_kind/status）
- graph-service.js: ensureOrgGraphNodeIndex 同步改建部分索引，且 upsertOrgGraphNode
  的 ON CONFLICT 必须写成 ON CONFLICT(company_id, role_name) WHERE status='active'
  —— SQLite 的冲突目标要与部分索引谓词逐字对应，否则整条 INSERT 直接失效
- org-graph-service.js（新）: validateGraph 四项校验 + writeGraph/patchGraph/
  getGraph/removeNode，事务化，节点软删除级联失效相关边
- routes/company.js: 四个端点 POST/PATCH/GET /org-graph + POST /org-graph/replan；
  /create 接入自动招聘 orggraph-planning + 异步触发（失败降级为空壳公司）；
  /fire 接入节点软删除

阶段 B · 自动生成
- system/org-graph-templates/{dev,content,ops}.json + README：三张三段式骨架
  （规划→执行→验收，验收失败回退到执行节点），角色名遵循 {domain}-{职能}
- system/templates/orggraph-planning/：新 system agent（type='meta-bootstrap'），
  含 §4.1 八步工作流
- company-service.js: 模板不存在时从 system/templates/base/ 元 agent 继承骨架
  （自动带 RESEARCH→PLAN→EXECUTE→VERIFY 四段式）+ agent-creator 填充，
  新建 agent scope='company'。这是 27-E2E §八bis 元 agent 继承的落地点

阶段 C · 展示
- CompanyDashboard.vue: 组织流程拓扑链渲染 + 空态降级 + 环深度保护

并行编排中发现并修复的三处（均不在原任务划分内）：
- AppNav.vue 建公司表单缺 goal 输入框 —— T0 只改了后端，前端表单没同步，
  company-goal 实际传不进来。这是上一轮 T0 的遗漏
- graph-seed-service.js 会把 type='meta-bootstrap' 的 orggraph-planning 塞回
  org graph，与 hire() 的 guard 不一致
- graph-agent-p1-acceptance.test.js: hire 未知角色的返回从 needs_training 改为
  hired_from_base（T5b 的行为变更），断言同步

验证（独立复核，非 agent 自述）：
- npm run test:unit 676 passed / 63 files（基线 652，+24 为新增的 org-graph 用例）
- npm run web:build 通过
- 三个模板 JSON 实跑 validateGraph 全部通过；四类非法图各自被对应 rule 拒绝；
  writeGraph→getGraph→removeNode 级联验证通过（删中间节点后 3 条边全部失效）

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

起因：逐条比对 27-REQ 的原话与 P2 v0.4，发现四处偏离，其中两处是设计悄悄
改变了原意。本次修正并落定。

代码（P2 §五 T0）：
- company.json 新增 goal 字段（company-goal），create({id,name,goal,description})
- POST /api/company/create 与 update() 同步支持
- 修的是一个实打实的遗漏：R-6 原话是"写入 company 的目标和描述"（两个字段），
  而 create() 一直只有 description。orggraph-planning 规划流水线的主依据本该是
  company-goal，此前根本拿不到。

文档定案（R-13）：
- R-13.1 goal 三层递归：company-goal / task-goal / subagent-goal，与"验收逐层
  递归"对应。澄清 R-12 说的"唯一的那个 goal"其实是 task-goal；三个验收 agent
  保持通用不按层级拆分。记录一处待定：subagent-goal 按执行者命名，与另两个的
  作用域命名轴不一致（按轴应为 subtask-goal）。
- R-13.2 公司类型完全由 orggraph-planning 推断 —— 这条**推翻了我自己记的一个
  缺陷**：审计时我把"不加 type 枚举字段"记为擅自偏离原话，实际那正是所需，
  当前设计无需改动。
- R-13.3 新 agent 从 system/templates/base 元 agent 继承骨架（自动带四段式
  RESEARCH→PLAN→EXECUTE→VERIFY）+ agent-creator 填充，而非直接走 needs_training
  全量培养；新建一律 scope='company'；innovator 训练是可选后置步骤。
  这是 R-9.2"所有 node agent 由元 agent 继承生成"在 P2 的落地点（新增 T5b）。
- R-13.4 org graph 强制单入口，原 open question 关闭。

顺带修掉 P2 的一处内部不一致：§六 承诺"提供手动触发 orggraph-planning 的端点"
给存量公司补图，但 §四.3 API 表和 §五 任务表都没有。已补 POST …/org-graph/replan。

另更正 R-11 中"代码层未执行"的过期表述——OKR 正名已于 74ea1ff 实施完毕。

回归：npm run test:unit 652 例全绿。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

四处写 _registry.json 的地方都用 JSON.stringify(registry, null, 2) 直接落盘，
不带末尾换行。文件在仓库里是带换行的，导致任何一次 hire()/depositTemplate()/
模板增删改之后，git diff 都会多出一行 "\ No newline at end of file" 的噪音，
把真实的数据变更淹掉。

写入点：
- company-service.js:374  depositTemplate()
- company-service.js:824  _updateTemplateUsedCount()
- routes/company.js:86    PATCH /templates/:templateId
- routes/company.js:120   DELETE /templates/:templateId

同时提交一次真实的运行时数据变更：qa-judge usedCount 7 → 8。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

hire() now checks system_agents (source_kind='template') before provisioning a new
company agent: if the role has a shared template row, skip copying agent.md and
instead let AgentManager.getAgentConfig()/PromptBuilder.build() resolve the prompt
from the shared legacy_path at call time, with per-company context assembled from a
new company-context.md. Roles without a template row (including the 6 ids that exist
in both system/agents/ and system/templates/, e.g. evolver-youtube-crawler) fall back
to the existing full-copy behavior unchanged.

- server/services/graph-service.js (new): lookupSharedAgentMd(), upsertOrgGraphNode()
- server/services/company-service.js: hire() reference-mode branch, _provisionReferenceAgent()
- server/src/core/agent-manager.js: getAgentConfig() resolves prompt/companyContextPath
- server/src/core/prompt-builder.js: build() concatenates company-context.md
- unit + integration tests covering all 6 acceptance criteria from
  docs/todo/system-design/27-p1-virtual-reference.md §6, including a regression test
  against the real idearun:evolver-youtube-crawler naming-collision case

Full regression suite (587 tests) passes; independent adversarial review found 0
blocking/major issues.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

Fixed 4 hidden bugs where path.join(DATA_ROOT, "system", ...) was used instead
of direct path.resolve to root-level system/:

- agent-chat.js: billing log scan (line 804) and agent list scan (line 909)
- company-service.js: TEMPLATES_DIR and GLOBAL_AGENTS_DIR constants
- heartbeat-service.js: system agents scan directory

These were missed because they used path.join with a variable (DATA_ROOT)
rather than the literal string "data/system" that sed caught.

…ictly enforce empty shell company creation

- System agents: 只保留 master (data/system/agents/master)
- Templates: 所有可复用 agent 模板 (data/system/templates/)
- Companies: 公司创建时自动部署 5 个元 Agent (innovator/hunter/digester/evolver/agent-creator)

路径修复:
- agent-chat.js: /list 扫描路径修正 (system/agents + companies/*/agents)
- agent-manager.js: 动态 agent 查找路径修正
- skill-config-loader.js: 修正 agents root
- pipeline-service.js: pipelines 输出到 companies/{id}/pipelines/
- billing.log: 移至 companies/{id}/logs/ 下

Skills 标准化:
- 所有 template agent 建立 .claude/skills/main_skill/SKILL.md
- company-service._copyTemplate() 新增 .claude/ 目录复制
- innovator SKILL.md v3.0: 移除旧 l3-hunt/l2-digest 命名
- 清理重复 agent_creator, 统一为 agent-creator

清理:
- 移除 data/agents, data/workspace, data/logs, data/goals 旧目录
- 清除所有未使用的 DATA_DIR 声明
- 清除 template 中的 conversations/logs/memory 运行态数据

- Add Company Overview tab as default landing page
- Show company info: status, uptime, agent count, heartbeat status
- Start/Stop company buttons (activate/deactivate all agent heartbeats)
- Per-agent heartbeat controls: interval dropdown, start/stop buttons
- Backend APIs: GET status, POST start/shutdown, PUT/POST agent heartbeat
- Track startedAt timestamp for uptime calculation
- Update CEO agent.md with mandatory 5-step startup workflow
- Fix company nav to default to overview tab

- scaffoldNewAgent: create agent skeleton via AgentScaffold directly
- depositTemplate: benchmark gating (≥95) + auto-deposit to templates/
- hireWithTraining: full flow (template lookup → scaffold fallback)
- Company route: /hire uses hireWithTraining, new /deposit-template endpoint
- E2E test: 69/69 passed (Phase 1 + Phase 2)

- CompanyService: CRUD (create/get/list/update/shutdown)
- Agent Hiring Pipeline: template lookup → copy → context injection
- Template registry (_registry.json) with CEO and qa-judge initial templates
- resolveAgentDir(companyId, agentId) unified agent directory resolution
- Company REST API routes (/api/company/*)
- E2E test: 46/46 passed