diff --git a/CLAUDE.md b/CLAUDE.md
index 07aafe7..0105790 100644
--- a/CLAUDE.md
+++ b/CLAUDE.md
@@ -39,24 +39,15 @@ npm test                          # vitest watch
 npm run test:unit                 # vitest run (CI 用)
 npx vitest run path/to/foo.test.js   # 跑单个测试文件
 npx vitest run -t "test name"        # 按名称过滤单个测试用例
-npm run test:multi-cli            # multi-CLI 集成测试
-npm run test:browser-logger
-npm run test:design-validator
 
 # DevLoop 规范
 npm run spec:extract              # 从 docs/prd/newfunction/*.html 重新生成 _spec/*.md（改完 HTML 后必须跑）
 npm run spec:check                # CI/pre-commit 用，校验 _spec/ 与 HTML 是否同步
 
 # CLI / 工具
-npm run logs / analyze / parse    # 查看 / 分析 / 解析 Agent 运行日志
 npm run skills:sync               # 同步 Skill 到 Claude CLI 配置目录
-
-# ⚠️ 下面三条目前是坏的，别照抄：入口 server/src/cli/auto-dev.js 不存在
-# （`server/src/cli/` 整个目录都没有，且 git 历史里从未有过这个文件），
-# 跑起来是 MODULE_NOT_FOUND。package.json 的 scripts.example / example-bmi
-# 和 bin.auto-dev 三处引用都还挂着，要么补文件要么删引用。
-#   npm run example / example-bmi
-#   auto-dev "<task>"
+npm run graph:seed                # 按 system/agents/ 目录重建图谱种子数据
+npm run okr:migrate               # goals → okr 存量迁移
 ```
 
 ## 架构
@@ -71,8 +62,8 @@ npm run skills:sync               # 同步 Skill 到 Claude CLI 配置目录
 
 | 入口 | 端口 | 启动方式 | 挂载路由 |
 |------|------|----------|----------|
-| `server/index.js` | 3010 | `npm run dev` / `npm run server` / `bash start.sh` | 全量：`/api/claude-chat` `/api/config` `/api/evolution` `/api/innovator` `/api/master` `/api/open` `/api/arena` `/api/auth` `/api/users` `/api/whatsapp` `/api/agent` `/api/okr`（`/api/goals` 是它的向后兼容别名）`/api/company` `/api/graph-runs` `/api/tasks` `/api/devloop`，WS `/ws/claude`，插件 / 心跳 / 中断任务恢复，`NODE_ENV=production` 时托管 `web/dist/` 静态文件 |
-| `server/agent-server.js` | 3010 | 仅手动 `node server/agent-server.js`（历史保留） | 子集：`/api/agent` `/api/company` `/api/okr`（+ `/api/goals` 别名）`/api/graph-runs` `/api/tasks` `/api/devloop` |
+| `server/index.js` | 3010 | `npm run dev` / `npm run server` / `bash start.sh` | 全量：`/api/claude-chat` `/api/config` `/api/evolution` `/api/innovator` `/api/master` `/api/open` `/api/arena` `/api/auth` `/api/users` `/api/whatsapp` `/api/agent` `/api/okr` `/api/company` `/api/graph-runs` `/api/tasks` `/api/devloop`，WS `/ws/claude`，插件 / 心跳 / 中断任务恢复，`NODE_ENV=production` 时托管 `web/dist/` 静态文件 |
+| `server/agent-server.js` | 3010 | 仅手动 `node server/agent-server.js`（历史保留） | 子集：`/api/agent` `/api/company` `/api/okr` `/api/graph-runs` `/api/tasks` `/api/devloop` |
 
 两者**不要同时启动**（端口冲突）。默认走 `index.js`（`start.sh` / `npm run dev` 都指向它）；`agent-server.js` 只在你想跑无依赖最小子集时手动启动。
 
@@ -109,7 +100,7 @@ npm run skills:sync               # 同步 Skill 到 Claude CLI 配置目录
 | `/api/innovator/skills` | Skill 管理（Admin） |
 | `/api/master/chat` | Master Agent 对话（SSE） |
 | `/api/agent/*` | LemonBoss Agent Chat |
-| `/api/company/*` `/api/okr/*` `/api/tasks/*` | 公司 / OKR / Task 管理（`/api/goals/*` 是 OKR 的向后兼容别名） |
+| `/api/company/*` `/api/okr/*` `/api/tasks/*` | 公司 / OKR / Task 管理（OKR 只此一个挂载点，`/api/goals` 别名已于 27-P3C §六.1 退役，有守卫测试盯着） |
 | `/api/auth/*` | JWT + GitHub OAuth |
 | `/ws/claude` | Claude 实时对话（仅 `index.js`） |
 | `/api/health` `/api/plugins` | 健康检查 / 插件状态 |
diff --git a/package.json b/package.json
index 878162d..2975a76 100644
--- a/package.json
+++ b/package.json
@@ -8,10 +8,6 @@
     "server",
     "web"
   ],
-  "main": "server/src/cli/auto-dev.js",
-  "bin": {
-    "auto-dev": "./server/src/cli/auto-dev.js"
-  },
   "scripts": {
     "server": "cd server && npm start",
     "server:dev": "cd server && npm run dev",
@@ -22,20 +18,10 @@
     "test": "vitest",
     "test:unit": "vitest run",
     "test:watch": "vitest watch",
-    "test:multi-cli": "node server/src/tests/scripts/test-multi-cli.js",
-    "test:browser-logger": "node server/src/modules/browser-logger/__tests__/test-runner.js",
-    "test:design-validator": "node server/src/modules/design-validator/__tests__/test-runner.js",
-    "example": "node server/src/cli/auto-dev.js '实现一个斐波那契数列函数，包含递归和迭代两种实现'",
-    "example-bmi": "node server/src/cli/auto-dev.js '实现一个计算 BMI 的 Python 程序，包含输入验证和测试用例'",
-    "logs": "node server/src/utils/view-logs.js",
-    "analyze": "node server/src/utils/analyze-log.js",
-    "parse": "node server/src/utils/parse-output.js",
     "skills:sync": "node scripts/sync-skills.js",
     "graph:seed": "node scripts/graph-seed.js",
     "spec:extract": "node scripts/extract-spec.js",
     "spec:check": "node scripts/extract-spec.js --check",
-    "whatsapp:auth": "node skills/whatsapp-bot/auth.js",
-    "whatsapp:start": "node skills/whatsapp-bot/bot.js",
     "prepare": "bash scripts/install-hooks.sh 2>/dev/null || true",
     "okr:migrate": "node scripts/migrate-goals-to-okr.js"
   },